DERMATLAS SG 基底细胞腺瘤与腺癌全外显子组测序数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001007745

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

几乎没有其他类型的肿瘤像皮肤癌那样具有如此多的不同形态。在组织学上，皮肤肿瘤可起源于上皮，包括表皮、毛囊、皮脂腺或汗腺、黑色素细胞、真皮相关的间充质结构或组织驻留免疫细胞，从而呈现出多样化的临床表现。重要的是，许多皮肤肿瘤类型预后极差。许多皮肤肿瘤亚型从未进行过分子谱分析，或者即使进行过，也采用的是靶向测序，且分析的病例数量非常有限，以至于无法就驱动基因谱、DNA突变特征和种系等位基因得出确切结论。针对世界卫生组织定义的70种关键皮肤肿瘤亚型——这些亚型此前未进行过广泛的遗传学分析——我们提议从多个身体部位进行全外显子组和转录组测序，以构建皮肤科肿瘤的基因组图谱，包括SNV、拷贝数变异、全基因组甲基化和表达谱的详细图谱。该队列中的病例为SG基底细胞腺瘤和腺癌。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。