慢性砷暴露人角质形成细胞中差异表达miRNA的差异表达mRNA靶点预测TP53轴及致癌相关通路变化的数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.3q26p

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 189.2 KB。

数据说明

背景：砷是一种广泛分布的有毒天然元素。长期摄入砷会导致多种癌症，尤其是皮肤癌。砷致癌机制尚未明确，但多项研究表明突变并非驱动力，而microRNA表达变化在其中发挥作用。长期低浓度亚砷酸盐暴露可使人永生化角质形成细胞（HaCaT）发生恶性转化，可作为砷致皮肤癌的模型。假设：长期暴露于亚砷酸盐的HaCaT细胞中miRNA表达的早期变化将揭示转化过程的早期步骤。方法：将HaCaT细胞在0/100 nM NaAsO2条件下维持3周和7周。纯化总RNA。使用Affymetrix微阵列检测miRNA和mRNA表达。从TargetScan 6.2中收集差异表达miRNA的靶标，使用Partek Genomic Suite™软件与差异表达mRNA取交集，并使用MetaCore™软件映射至其通路。通过western blot检测MDM2、HMGB1和TP53的mRNA及蛋白水平。

结果：在其他系统中参与癌变通路的众多miRNA和mRNA在3周和7周时表现出差异表达。通过miRNA和mRNA网络预测到一个包含MDM2和HMGB1的TP53调控网络。总TP53及TP53-S15磷酸化被诱导。然而，TP53-K382低乙酰化提示，在砷暴露细胞中诱导的TP53是无活性的。结论：我们的数据提供了强有力的证据，表明miRNA及其靶mRNA的早期变化可能促进了砷诱导的癌变过程。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。