诱导性黑色素瘤小鼠模型中NRAS基因消除与MEK药理学抑制的比较

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-39984

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数据说明

由于直接对RAS进行药理抑制迄今未能成功，我们探索了系统生物学方法，以识别能够模拟直接RAS抑制的协同药物组合。利用NRAS突变黑色素瘤的可诱导小鼠模型，我们在体内比较了药理MEK抑制与完全消除NRAS-Q61K的效果。消除NRAS-Q61K通过增强细胞凋亡和细胞周期阻滞，导致完全且持久的肿瘤消退。相比之下，MEK抑制最多只能产生肿瘤停滞，我们发现它强烈激活细胞凋亡，但并未显著阻碍增殖。我们使用微阵列技术来确定哪些转录本受NRAS-Q61K消除影响，但受MEK抑制影响不足。我们选择了一个单一的比较时间点，即治疗后4天。下游分析包括GSEA和TRAP算法，从而识别出一个受差异影响的CDK4驱动的增殖网络。免疫基因也被确定为显著，但对照实验确定这些主要是多西环素的脱靶效应，而非NRAS-Q61K消除所致。

将iNRAS-475小鼠黑色素瘤细胞系皮内注射到裸鼠体内，这些裸鼠饮用含2mg/ml多西环素的水。6周后，肿瘤生长至200-500mm³。随后，小鼠接受溶媒或100mg/kg的AZD6244 MEK抑制剂治疗，或从饮食中撤除多西环素。每个样本代表一个独立的肿瘤，因此每个队列提供六个生物学重复，而非技术重复。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。