黑色素瘤脑转移 Affymetrix 表达芯片数据
该数据集来自 omicsdi.org，为黑色素瘤进展至脑转移的 Affymetrix 表达芯片数据，属于肿瘤/皮肤癌范畴
基本信息
资源简介
黑色素瘤脑转移 Affymetrix 表达芯片数据
该数据集为黑色素瘤进展至脑转移的 Affymetrix 表达芯片数据，来源于 omicsdi.org，归类于肿瘤/皮肤癌方向，主题标签为转录组学（Transcriptomics）。黑色素瘤是侵袭性强、治疗抵抗性高的恶性肿瘤之一，也是最具生命威胁的皮肤肿瘤，其发病率在过去三十年中持续上升。黑色素瘤由黑色素细胞的局部转化起始，形成原发肿瘤后可转移至多个器官，其中脑转移是皮肤黑色素瘤患者最重要的死亡原因之一。尽管采用积极的多模式治疗，黑色素瘤脑转移患者的中位生存期仍不足一年，多数患者最终死于颅内病变。为识别与脑转移相关的基因表达改变，该研究采用 Affymetrix 表达芯片评估黑色素细胞、淋巴结转移灶与脑转移灶中的差异表达基因，样本总 RNA 来自代表正常组织的二十二份标本。该数据集为研究黑色素瘤向脑转移演进过程中的转录组变化提供了芯片层面的表达数据资源。
【数据集背景】
黑色素瘤是侵袭性最强、最难治疗的癌症之一，也是最致命的皮肤肿瘤，近三十年来发病率不断上升。黑色素瘤从黑色素细胞的局部转化开始，先形成原发肿瘤，随后可转移至多个器官。脑转移是皮肤黑色素瘤患者最主要的死亡原因之一；即使接受积极的多模式治疗，脑转移患者的中位生存期仍不足一年，大多数患者死于颅内病变。正是在这一临床背景下，研究者希望从基因表达层面寻找与脑转移相关的改变，从而产生了本数据集所对应的表达芯片研究。
【数据内容】
该数据集为 Affymetrix 表达芯片数据，主题属于转录组学。研究利用 Affymetrix 表达芯片评估黑色素细胞、淋巴结转移灶和脑转移灶中的差异表达基因，以识别与脑转移相关的基因表达改变。样本总 RNA 来自代表正常组织的二十二份标本。数据集英文名称为“Affymetrix expression array data for melanoma progression to the brain”，在分类上属于肿瘤/皮肤癌范畴。
【采集与来源】
该数据集来源于 omicsdi.org。源站描述说明了研究的设计思路：以 Affymetrix 表达芯片检测黑色素细胞、淋巴结转移灶与脑转移灶之间的差异表达基因，所用总 RNA 来自二十二份代表正常组织的标本。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息以及芯片平台的具体型号，源站未提供。
【适用场景】
基于其研究设计，该数据集适用于探讨黑色素瘤由黑色素细胞向淋巴结转移、进而向脑转移演进过程中的基因表达差异，可用于筛选与脑转移相关的候选差异表达基因，也可作为黑色素瘤脑转移转录组研究的参考数据。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据下载方式、文件格式、预处理流程与标准化步骤等均未提及。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、样本量以外的统计效力、批次效应控制以及验证实验等方面的信息。可确认的样本规模为二十二份代表正常组织的标本，其余质量相关细节源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-44660
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
黑色素瘤是最具侵袭性和最难治的癌症之一。它是皮肤肿瘤中威胁生命最严重的一种，过去三十年来其发病率持续上升。黑色素瘤由黑色素细胞的局部转化发展为原发肿瘤，进而可转移至多个器官。脑转移是皮肤黑色素瘤患者死亡的最重要原因之一。尽管采用了积极的多模式治疗，黑色素瘤脑转移患者的中位生存期仍不足一年，其中大多数患者死于颅内病变。为识别与脑转移相关的基因表达改变，我们使用Affymetrix表达芯片评估黑色素细胞、淋巴结转移灶和脑转移灶中的差异表达基因。从代表正常黑色素细胞（n=3）、黑色素瘤淋巴结转移（n=12）和黑色素瘤脑转移（n=7）的22份标本中提取总RNA，并通过Affymetrix表达芯片进行分析。黑色素细胞标本用作对照样本。黑色素细胞购自Invitrogen（LifeTechnologies）。
转移性黑色素瘤标本取自不同患者，并在约翰·韦恩癌症研究所建立为细胞系。使用早期传代（少于6代）进行表达分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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