诱导性小鼠黑色素瘤模型中NRAS基因消退的时间进程分析
本数据集来自诱导性小鼠黑色素瘤模型，利用微阵列技术在强力霉素撤除后24、48和72小时检测NRAS-Q61K消退所影响的转录本，以研究NRAS下游信号的时间动态变化及相关通路
基本信息
资源简介
诱导性小鼠黑色素瘤模型中NRAS基因消退的时间进程分析
本数据集围绕诱导性小鼠黑色素瘤模型中NRAS基因消退的时间进程展开，利用微阵列技术检测强力霉素撤除后24、48和72小时受NRAS-Q61K消退影响的转录本，旨在揭示NRAS下游信号随时间变化的动态规律，并帮助关联不同通路受到差异影响的情况。该研究采用强力霉素依赖的诱导模型，将iNRAS-475小鼠黑色素瘤细胞系皮内注射至裸鼠，通过含2mg/ml强力霉素的饮水维持诱导状态，待肿瘤生长至200-500mm³后撤除强力霉素，并在撤除后三个时间点采集肿瘤样本进行转录组分析。数据集属于肿瘤/皮肤癌领域，主题标签为Transcriptomics，来源站为omicsdi.org。
【数据集背景】
该数据集的研究背景聚焦于NRAS信号通路在黑色素瘤中的动态调控。NRAS突变是黑色素瘤中常见的驱动事件之一，理解其下游信号的时序变化对于揭示肿瘤维持机制具有重要意义。研究者试图通过可诱导的小鼠模型，在时间维度上观察NRAS消退后转录水平的变化，从而描绘NRAS下游信号的时间动态，并关联不同通路的差异影响。该数据还被用于支持另一份提交至GEO的数据集，后者题为“Comparison of the genetic extinction of NRAS to pharmacological MEK inhibition in an inducible mouse model of melanoma”，说明本数据集在比较遗传性NRAS消退与药理学MEK抑制的研究中具有支撑作用。
【数据内容】
数据内容为微阵列检测结果，用于确定在强力霉素撤除后24、48和72小时，哪些转录本受到NRAS-Q61K消退的影响。这些转录本层面的数据反映了NRAS下游信号随时间变化的动态特征，并有助于关联差异影响的通路。数据集的主题标签为Transcriptomics，表明其属于转录组学范畴。源站描述中未提供具体的转录本数量、差异表达基因列表或通路名称等细节。
【采集与来源】
采集过程基于诱导性小鼠黑色素瘤模型。具体而言，将iNRAS-475小鼠黑色素瘤细胞系皮内注射至裸鼠，裸鼠饮用含2mg/ml强力霉素的水。肿瘤在6周后达到200-500mm³，随后从饮食中撤除强力霉素，并在撤除后24、48和72小时采集肿瘤。数据来源站为omicsdi.org。源站未提供样本量、重复数、微阵列平台型号等具体信息。
【适用场景】
该数据集适用于研究NRAS下游信号的时间动态变化，以及遗传性NRAS消退与药理学MEK抑制之间的比较分析。由于数据覆盖了撤除强力霉素后三个连续时间点，可用于探索NRAS消退过程中转录组的时序响应模式，并帮助关联不同通路的差异影响。此外，该数据可作为支持性数据集，用于与GEO中另一份关于NRAS遗传消退与MEK抑制比较的研究联合分析。源站未提供其他具体适用场景。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据下载方式、预处理步骤、分析工具或代码等。用户需依据源站omicsdi.org的指引获取和利用数据。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量与限制的具体说明，例如样本量、技术重复、批次效应、数据完整性或潜在偏倚等信息。因此，无法从现有描述中评估该数据集的质量水平或使用时的限制条件。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。用户如需引用或使用该数据集，应参考来源站omicsdi.org的相关规定。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-39985
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们试图通过一种依赖多西环素的可诱导黑色素瘤小鼠模型，理解随时间推移NRAS消失所涉及的途径。这些数据为了解下游NRAS信号的时间动态提供了见解，并有助于将受不同影响的途径相互关联。我们使用微阵列技术，在停止多西环素后的24、48和72小时，确定哪些转录本受到NRAS-Q61K消失的影响。这些数据用于支持提交至GEO的另一数据集，该数据集题为“在可诱导黑色素瘤小鼠模型中NRAS基因消失与药理MEK抑制的比较”。将iNRAS-475小鼠黑色素瘤细胞系皮内注射到裸鼠体内，这些裸鼠饮用含2mg/ml多西环素的水。6周后，肿瘤生长至200-500mm3。随后从饮食中撤除多西环素，并在撤除后的24、48和72小时收集肿瘤。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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