转移性与非转移性葡萄膜黑色素瘤肿瘤的iTRAQ定量蛋白质组学比较

数据集获取（Figshare）

• 源站标题：iTRAQ Quantitative Proteomic Comparison of Metastatic and Non-Metastatic Uveal Melanoma Tumors
• DOI：10.1371/journal.pone.0135543
• 发布日期：2015-08-25
• 文件数：20 个
• 文件总体积：3.75 MB
• 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/_iTRAQ_Quantitative_Proteomic_Comparison_of_Metastatic_and_Non_Metastatic_Uveal_Melanoma_Tumors_/1519694

命令行下载

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文件清单

• S1_Table.pdf（210.81 KB）
• S2_Table.pdf（189.97 KB）
• S3_Table.pdf（182.69 KB）
• S4_Table.pdf（217.88 KB）
• S5_Table.pdf（211.50 KB）
• S6_Table.pdf（209.13 KB）
• S7_Table.pdf（198.69 KB）
• S8_Table.pdf（212.91 KB）
• S9_Table.pdf（206.43 KB）
• S10_Table.pdf（200.68 KB）
• S11_Table.pdf（107.13 KB）
• S12_Table.pdf（108.12 KB）
• S13_Table.pdf（96.71 KB）
• S14_Table.pdf（96.94 KB）
• S15_Table.pdf（220.61 KB）
• S16_Table.pdf（254.56 KB）
• S17_Table.pdf（256.93 KB）
• S18_Table.pdf（377.37 KB）
• S19_Table.pdf（97.19 KB）
• S20_Table.pdf（96.91 KB）

文件总体积 3.75 MB（源站 API 实测）。

数据说明

背景
葡萄膜黑色素瘤是成人眼部最常见的恶性肿瘤。由于这种侵袭性癌症常在眼科诊断之前就已发生转移，因此总体死亡率较高。为深入了解葡萄膜黑色素瘤转移的机制和生物标志物，对原发转移性和非转移性肿瘤进行了定量蛋白质组学分析。方法
采用LC MS/MS iTRAQ技术分析了8例转移性和7例非转移性人原发葡萄膜黑色素瘤肿瘤，并以正常尸检眼的Bruch膜/脉络膜复合体作为对照组织。来自肿瘤和对照蛋白的胰蛋白酶肽用iTRAQ标签标记，经阳离子交换色谱分级分离，并通过LC MS/MS进行分析。蛋白质鉴定使用Mascot搜索引警和人类Uni-Prot/Swiss-Protein数据库，错误发现率≤ 1%；蛋白质定量采用Mascot加权平均法。在由5例转移性和5例非转移性肿瘤组成的训练集中，被判定为差异表达的蛋白质表现出定量差异（p ≤ 0.05，t检验）。

结果

在5个转移性和5个非转移性肿瘤中鉴定并定量了1644种蛋白质，其中发现12种蛋白质仅在≥3个转移性肿瘤中存在，28种蛋白质仅在转移性肿瘤中显著升高，30种仅在转移性肿瘤中显著降低，另有31种被判定为在转移性与非转移性肿瘤之间差异表达。对差异表达的胶原蛋白α-3(VI)和热休克蛋白β-1进行逻辑回归建模，能够正确预测5个独立肿瘤标本各自的转移状态。

结论

本研究数据为转移性与非转移性葡萄膜黑色素瘤肿瘤之间的分子差异提供了新线索。尽管样本量有限且尚需验证，但结果支持胶原蛋白α-3(VI)和热休克蛋白β-1作为葡萄膜黑色素瘤转移的候选生物标志物，并建立了一个葡萄膜黑色素瘤原发肿瘤的定量蛋白质组数据库。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0135543（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/_iTRAQ_Quantitative_Proteomic_Comparison_of_Metastatic_and_Non_Metastatic_Uveal_Melanoma_Tumors_/1519694）。