卡波西肉瘤原发性患者样本
该数据集包含卡波西肉瘤患者的皮肤和血液样本,通过单细胞RNA测序技术生成基因表达数据,主要模态为单细胞转录组数据。数据内容涵盖感染与未感染细胞类型的识别、KSHV感染细胞群的生物标志物发现、免疫细胞浸润分析以及治疗前后细胞组成变化。该数据集主要用于研究卡波西肉瘤的肿瘤微环境、病毒致癌机制、免疫应答及精准医疗中的生物标志物开发。
https://figshare.com/articles/dataset/Kaposi_Sarcoma_Primary_Patient_Samples_/28710478
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资源简介
该数据集包含卡波西肉瘤(Kaposi Sarcoma,KS)的原发性患者样本数据。卡波西肉瘤是一种由卡波西肉瘤相关疱疹病毒8型(KSHV)引起的复杂肿瘤。数据集基于16名受试者的25份皮肤和血液样本,通过单细胞RNA测序分析,旨在阐明KS肿瘤中感染与未感染的细胞类型。研究发现了两类KSHV感染细胞群:一类代表CD34阴性、增殖性内皮细胞亚群;另一类代表表达内皮基因的CD34阳性细胞,见于高内皮微静脉、窗孔毛细血管和内皮尖端细胞等多种细胞类型。分析识别了感染细胞中的新型细胞生物标志物(如钠通道SCN9A),并发现KSHV阳性细胞在所有样本中占比低于10%,且与肿瘤浸润免疫细胞数量呈负相关。研究还观察到KS肿瘤和血液中T细胞受体克隆的扩增,以及抗逆转录病毒疗法或免疫疗法治疗后肿瘤细胞组成的变化。该数据集为单细胞分析识别预后和预测性生物标志物提供了可行性验证,主要应用于肿瘤免疫学、病毒致癌机制及精准医疗研究方向。
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