肉瘤干细胞中驱动肿瘤和转移生长的钙蛋白酶-6/YAP轴数据集
该数据集包含经过基因改造的人类骨肉瘤细胞系的RNA测序数据，数据模态为转录组测序数据，主要用于研究钙蛋白酶-6（calpain-6）与YAP信号轴在肉瘤干细胞中的作用机制，探讨其如何通过调节Hippo通路和细胞周期进程来驱动肿瘤生长和转移，为肿瘤干细胞生物学和癌症治疗靶点发现提供数据支持。
基本信息
资源简介
肉瘤干细胞中驱动肿瘤和转移生长的钙蛋白酶-6/YAP轴数据集
【数据集背景】
本数据集源站标题为《A calpain-6/YAP axis in sarcoma stem cells that drives the outgrowth of tumors and metastases》。
【数据内容】
源站原始描述：Sarcomas include cancer stem cells, but how these cells contribute to local and metastatic relapse is largely unknown. We previously showed the pro-tumor functions of calpain-6 in sarcoma stem cells. Here, we use an osteosarcoma cell model, osteosarcoma tissues and transcriptomic data from human tumors to study gene patterns associated with calpain-6 expression or suppression. Calpain-6 modulates the expression of Hippo pathway genes and stabilizes the hippo effector YAP. It also modulates the v…
【主题与分类】
主题标签：YAP、Osteosarcoma、Cancer stem cells、Calpain-6、Mitosis。
【获取与许可】
源站页面：https://search.dataone.org/view/sha256:21d5c746f2b8fe0c5faf0fc6a8196a3b15074e7d5ed95a47a7eb6d1b80407bce
下载信息
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使用方式
数据集获取
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集是一项关于肉瘤干细胞中钙蛋白酶-6（calpain-6）与YAP信号轴作用机制的研究数据。数据集包含人类骨肉瘤细胞系（143B）的RNA测序数据，这些细胞经过基因改造以表达GFP标记的calpain-6，并包括calpain-6过表达和敲低的对比组。数据来源于三个独立培养的细胞样本，使用Illumina NovaSeq平台进行双端100bp测序。该数据集主要用于研究calpain-6如何通过调节Hippo通路、稳定YAP蛋白以及影响β-连环蛋白降解复合物的囊泡运输，从而促进肉瘤干细胞的G2/M期进程、有丝分裂和肿瘤转移。研究方向包括肿瘤干细胞生物学、癌症转移机制以及潜在的治疗靶点探索。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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