Wnt/β-catenin信号通路受雄激素消融治疗调控并促进前列腺癌雄激素非依赖性细胞生长
该数据集来自 omicsdi.org,收录了 7 例局部晚期或转移性前列腺癌患者在雄激素消融治疗(AAT)开始前与开始后约 22 周的肿瘤 mRNA-Seq 数据,用于识别治疗前后差异调控基因
基本信息
资源简介
Wnt/β-catenin信号通路受雄激素消融治疗调控并促进前列腺癌雄激素非依赖性细胞生长
该数据集聚焦于雄激素消融治疗(AAT)背景下前列腺癌的转录组变化,来源于 omicsdi.org,归类于肿瘤/前列腺癌方向,主题标签为转录组学(Transcriptomics)。数据集围绕局部晚期或转移性前列腺癌患者在接受 AAT 前后肿瘤组织的 mRNA-Seq 展开,纳入 7 例患者,比较治疗开始前与治疗开始后约 22 周的肿瘤样本,识别治疗前后差异调控的基因。其核心科学关切在于:AAT 是局部晚期/转移性前列腺癌的标准治疗,但许多患者在约 2–3 年后发展为去势抵抗性前列腺癌(CRPCa),预后较差,而 CRPCa 进展的分子机制尚不清楚;该数据集即通过治疗前后配对肿瘤样本的转录组测序,为探索 AAT 对 Wnt/β-catenin 信号通路的调节作用及其与雄激素非依赖性细胞生长的关系提供数据基础。
【数据集背景】
雄激素消融治疗(AAT)是局部晚期或转移性前列腺癌(PCa)的标准治疗手段。然而,许多患者在接受治疗约 2–3 年后会发展为去势抵抗性前列腺癌(CRPCa),预后不良。CRPCa 进展背后的分子机制目前尚不明确。该数据集正是针对这一临床问题而产生:通过对治疗前后肿瘤组织的转录组比较,考察 AAT 对 Wnt/β-catenin 信号通路的影响,以及该通路与雄激素非依赖性细胞生长之间的关联。数据集名称即体现了这一研究主题——Wnt/β-catenin 信号通路受晚期临床前列腺癌雄激素消融治疗的调节,并参与雄激素非依赖性细胞生长。
【数据内容】
数据集的核心内容是来自 7 例局部晚期或转移性前列腺癌患者的肿瘤 mRNA-Seq 数据。样本采集覆盖两个时间点:AAT 开始前,以及 AAT 开始后约 22 周。研究对治疗配对样本进行差异调控基因识别,即在每一对治疗前/治疗后样本之间比较基因表达变化,从而获得受 AAT 调控的差异基因集合。数据主题归属于转录组学,整体分类为肿瘤/前列腺癌。除上述样本数量、时间点与数据类型外,源站未提供关于基因数量、表达矩阵规模、测序平台型号、读长或测序深度的进一步说明。
【采集与来源】
数据来源于 omicsdi.org。样本为 7 例局部晚期或转移性前列腺癌患者的肿瘤活检组织,分别于 AAT 治疗前和治疗后采集,形成治疗前后配对的肿瘤活检样本系列。检测方法为 mRNA-Seq,用于在转录组水平上比较治疗前后的基因表达差异。源站未提供具体的样本采集机构、测序服务提供方、伦理审批信息及样本处理流程等细节。
【适用场景】
该数据集适用于以下研究方向:前列腺癌雄激素消融治疗前后转录组变化的分析;差异表达基因的识别与验证;Wnt/β-catenin 信号通路在前列腺癌治疗响应中的作用探讨;去势抵抗性前列腺癌(CRPCa)进展分子机制的探索;以及雄激素非依赖性细胞生长相关基因表达特征的挖掘。由于数据采用治疗前后配对设计,也适合用于配对样本的差异分析方法和治疗响应生物标志物初筛等研究场景。
【使用方法】
使用时可围绕治疗前后配对样本开展差异表达分析,识别受 AAT 调控的基因,并在此基础上进行通路水平的解读,重点关注 Wnt/β-catenin 信号通路相关基因的变化。分析中应充分利用配对设计的特点,以患者自身治疗前样本作为对照,减少个体间差异的影响。对于差异基因列表,可进一步结合雄激素非依赖性细胞生长的研究背景进行功能层面的讨论。源站未提供数据下载格式、预处理流程、标准化方法及配套分析代码等具体使用说明。
【质量与限制】
该数据集的样本量较小,仅包含 7 例患者的治疗前后配对样本,统计效力有限,结论外推需谨慎。治疗后采样时间点约为 AAT 开始后 22 周,属于单一时间点观察,无法反映治疗响应的时间动态过程。数据仅覆盖转录组(mRNA-Seq)层面,不含蛋白、代谢或其他组学层面的信息。源站未提供关于测序质量指标、数据缺失情况、批次效应控制及样本病理特征(如 Gleason 评分、肿瘤分期细分)等质量相关信息。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、发表文献信息、数据许可协议及使用条款。使用前建议访问 omicsdi.org 上对应的数据集页面,核实原始来源与授权要求。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
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提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-48403
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
雄激素剥夺治疗(AAT)是局部晚期/转移性前列腺癌(PCa)的标准治疗方法。许多患者在接受治疗约2-3年后出现去势抵抗(CRPCa),预后不良。CRPCa进展的分子机制尚不清楚。对7例局部晚期/转移性PCa患者在AAT开始前及开始后约22周的肿瘤进行了mRNA-Seq检测。在治疗配对样本中鉴定出差异调控基因。采集了7例患者在AAT治疗前后的肿瘤活检样本。
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