局限性前列腺癌蛋白质组数据集（第六部分）
该数据集来自 omicsdi.org，聚焦局限性前列腺癌的蛋白质组研究，对腺体局限型前列腺肿瘤组织与非恶性前列腺组织进行蛋白质组表征
基本信息
资源简介
局限性前列腺癌蛋白质组数据集（第六部分）
该数据集英文名为 The proteome of localized prostate cancer, part 6，来源于 omicsdi.org，属于肿瘤 / 前列腺癌分类，主题标签为 Proteomics。其核心内容是对腺体局限型前列腺肿瘤组织与非恶性前列腺组织进行蛋白质组表征，研究对象为局限性前列腺癌。数据集涉及从 FFPE 根治性前列腺切除标本中纯化的全细胞蛋白提取物，共包含 28 个肿瘤样本和 8 个相邻非恶性前列腺组织样本。该数据集与 ProteomeXchange 标识符 PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD004132、PXD003615、PXD004159 相关联，可用于了解局限性前列腺癌的蛋白质组特征。
【数据集背景】
前列腺癌是常见的男性恶性肿瘤之一，其中局限性前列腺癌指肿瘤仍局限于前列腺腺体内部。对该阶段肿瘤组织与非恶性前列腺组织进行蛋白质组层面的比较研究，有助于理解肿瘤发生发展过程中蛋白质表达和修饰的变化。该数据集聚焦于腺体局限型前列腺肿瘤，旨在对肿瘤组织和非恶性前列腺组织进行蛋白质组表征，属于蛋白质组学在前列腺癌研究中的应用。数据集来源于 omicsdi.org，分类为肿瘤 / 前列腺癌，主题标签为 Proteomics。
【数据内容】
该数据集包含从 FFPE 根治性前列腺切除标本中纯化的全细胞蛋白提取物，共计 28 个肿瘤样本和 8 个相邻非恶性前列腺组织样本。样本类型为腺体局限型前列腺肿瘤组织及相邻非恶性前列腺组织。数据集的核心内容是对这些样本进行蛋白质组表征，以揭示局限性前列腺癌的蛋白质组特征。数据集与多个 ProteomeXchange 标识符相关联，包括 PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD004132、PXD003615、PXD004159。这些标识符可用于在 ProteomeXchange 及相关数据库中检索和获取原始数据。除上述信息外，源站未提供更详细的样本临床信息、蛋白质鉴定数量、定量结果或具体实验流程。
【采集与来源】
该数据集的样本来自 FFPE 根治性前列腺切除标本。FFPE 即福尔马林固定石蜡包埋，是临床病理组织中常用的保存方式。研究从这些标本中纯化全细胞蛋白提取物，用于后续蛋白质组分析。样本包括 28 个肿瘤样本和 8 个相邻非恶性前列腺组织样本。数据集来源站为 omicsdi.org，并关联多个 ProteomeXchange 标识符。源站未提供样本采集的具体时间、地点、患者人群特征、伦理审批信息以及样本处理和质量控制细节。
【适用场景】
该数据集适用于局限性前列腺癌蛋白质组研究，可用于比较腺体局限型前列腺肿瘤组织与非恶性前列腺组织的蛋白质组差异。潜在应用包括发现与前列腺癌发生、发展相关的蛋白质标志物，探索肿瘤微环境或相邻非恶性组织的蛋白质表达特征，以及为后续验证研究提供数据基础。由于数据集包含肿瘤和相邻非恶性组织配对样本，也可用于研究肿瘤与癌旁组织之间的分子差异。此外，该数据集可作为蛋白质组学数据分析和生物信息学方法开发的测试数据。源站未提供该数据集在具体疾病分型、预后预测或治疗响应方面的应用说明。
【使用方法】
用户可通过 omicsdi.org 获取该数据集的描述信息，并利用关联的 ProteomeXchange 标识符 PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD004132、PXD003615、PXD004159 在 ProteomeXchange 或相应蛋白质组学数据库中检索原始数据。使用时应关注样本类型和数量，即 28 个肿瘤样本和 8 个相邻非恶性前列腺组织样本，以及 FFPE 来源的全细胞蛋白提取物。由于源站未提供具体的数据格式、分析流程、软件工具和参数设置，用户需根据自身研究目的选择适当的蛋白质组学数据处理方法。源站未提供数据下载链接、访问权限或使用教程。
【质量与限制】
该数据集的样本来源于 FFPE 根治性前列腺切除标本，FFPE 处理可能对蛋白质提取和鉴定产生影响，但源站未提供相关质量控制信息。样本数量为 28 个肿瘤样本和 8 个相邻非恶性前列腺组织样本，非恶性组织样本数量相对较少。源站未提供蛋白质鉴定深度、定量准确性、重复性、缺失值比例等质量指标。此外，源站未提供患者临床分期、分级、随访信息，因此无法评估该数据集在特定临床亚组中的代表性。数据集仅针对局限性前列腺癌，不涵盖转移性或去势抵抗性前列腺癌。使用时应结合研究目的谨慎解释结果。
【引用与许可】
该数据集关联的 ProteomeXchange 标识符为 PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD004132、PXD003615、PXD004159。源站未提供具体的引用文献、作者列表、发表期刊或数据许可协议。用户在使用该数据集时，应参考 omicsdi.org 及 ProteomeXchange 上对应标识符的原始页面，获取引用要求和许可信息。源站未提供数据使用限制、商业用途许可或再分发政策。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000080065
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
局限性前列腺肿瘤与非恶性前列腺组织的蛋白质组特征分析。从FFPE根治性前列腺切除标本中纯化全细胞蛋白提取物，共包括28个肿瘤样本和8个相邻的非恶性前列腺组织。相关ProteomeXchange标识符：PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD004132、PXD003615、PXD004159。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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