局限性前列腺癌蛋白质组数据集 第5部分

该数据集来自 omicsdi.org,聚焦局限性前列腺癌的蛋白质组研究,属于肿瘤/前列腺癌分类。数据涵盖腺体局限性前列腺肿瘤组织与非恶性前列腺组织的蛋白质组表征,样本为FFPE根治性前列腺切除标本的全细胞蛋白提取物,共28例肿瘤样本和8例癌旁非恶性前列腺组织

omicsdi
浏览 12
蛋白质分类Proteomics
The proteome of localized prostate cancer, part 5

基本信息

模态
蛋白质
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-09

资源简介

局限性前列腺癌蛋白质组数据集 第5部分

该数据集英文名为 The proteome of localized prostate cancer, part 5,来源于 omicsdi.org,属于肿瘤 / 前列腺癌分类,主题标签为 Proteomics。其聚焦局限性前列腺癌的蛋白质组研究,对腺体局限性前列腺肿瘤组织与非恶性前列腺组织进行蛋白质组表征。样本取自 FFPE 根治性前列腺切除标本的全细胞蛋白提取物,共包含 28 例肿瘤样本和 8 例癌旁非恶性前列腺组织。该数据集关联的 ProteomeXchange 标识符包括 PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD004132、PXD003636 和 PXD004159,可用于了解局限性前列腺癌及其邻近非恶性组织在蛋白质层面的组成特征。

【数据集背景】

前列腺癌是常见的男性恶性肿瘤之一,其中局限性前列腺癌指肿瘤仍局限于前列腺腺体内部。针对此类肿瘤的蛋白质组研究有助于从蛋白质层面刻画肿瘤组织与非恶性组织之间的差异。该数据集即围绕腺体局限性前列腺肿瘤及非恶性前列腺组织展开蛋白质组表征,属于肿瘤 / 前列腺癌研究范畴,主题标签为 Proteomics。源站描述指出,其目标是对腺体局限性前列腺肿瘤和非恶性前列腺组织进行蛋白质组表征,为相关研究提供蛋白质层面的数据基础。

【数据内容】

该数据集涵盖腺体局限性前列腺肿瘤组织与非恶性前列腺组织的蛋白质组表征。样本为 FFPE 根治性前列腺切除标本的全细胞蛋白提取物,总计包括 28 例肿瘤样本和 8 例癌旁非恶性前列腺组织。数据内容围绕这些样本的蛋白质组展开,主题标签为 Proteomics。除上述样本数量与样本类型外,源站未提供更详细的蛋白质鉴定数量、定量结果、差异蛋白列表或具体分子指标。

【采集与来源】

数据来源于 omicsdi.org。样本采集自 FFPE 根治性前列腺切除标本,经全细胞蛋白提取物纯化后用于蛋白质组表征。研究对象为腺体局限性前列腺肿瘤组织及相邻的非恶性前列腺组织,共 28 例肿瘤样本和 8 例癌旁非恶性前列腺组织。该数据集关联的 ProteomeXchange 标识符为 PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD004132、PXD003636 和 PXD004159。除这些来源与标识信息外,源站未提供更具体的采集地点、时间、机构或伦理审批信息。

【适用场景】

该数据集适用于局限性前列腺癌的蛋白质组研究,可用于比较腺体局限性前列腺肿瘤组织与非恶性前列腺组织在蛋白质层面的组成特征。其主题标签为 Proteomics,属于肿瘤 / 前列腺癌分类,因此可服务于前列腺癌蛋白质组学分析、肿瘤与非恶性组织差异探索等场景。由于样本为 FFPE 根治性前列腺切除标本的全细胞蛋白提取物,也可用于涉及 FFPE 样本蛋白质组表征的相关研究。除上述方向外,源站未提供其他具体适用场景或应用结论。

【使用方法】

该数据集可通过 omicsdi.org 获取,并关联至 ProteomeXchange 标识符 PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD004132、PXD003636 和 PXD004159,使用者可依据这些标识符在相应数据资源中查找和访问数据。使用时应关注其样本构成,即 28 例肿瘤样本和 8 例癌旁非恶性前列腺组织,样本为 FFPE 根治性前列腺切除标本的全细胞蛋白提取物。除来源站与关联标识符外,源站未提供具体的下载方式、文件格式、分析流程或软件工具说明。

【质量与限制】

该数据集包含 28 例肿瘤样本和 8 例癌旁非恶性前列腺组织,样本来源于 FFPE 根治性前列腺切除标本的全细胞蛋白提取物。其研究范围限于腺体局限性前列腺肿瘤与非恶性前列腺组织的蛋白质组表征。除样本数量、样本类型和来源信息外,源站未提供关于数据质量、覆盖度、定量准确性、批次效应、缺失值或验证结果的具体说明。因此,使用时应结合源站及关联 ProteomeXchange 标识符所对应的原始信息进行判断。

【引用与许可】

该数据集来源于 omicsdi.org,关联的 ProteomeXchange 标识符为 PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD004132、PXD003636 和 PXD004159。除上述来源与标识符外,源站未提供具体的引用格式、作者列表、发表文献或许可条款信息。如需引用或使用,应进一步查阅 omicsdi.org 及相应 ProteomeXchange 条目所附的说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000080067

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

局限性前列腺肿瘤与非恶性前列腺组织的蛋白质组特征分析。从FFPE根治性前列腺切除标本中纯化全细胞蛋白提取物,共包括28个肿瘤样本和8个相邻的非恶性前列腺组织。相关ProteomeXchange标识符:PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD004132、PXD003636、PXD004159。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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