局限性前列腺癌蛋白质组数据,第4部分
该数据集来自 omicsdi.org,主题为局限性前列腺癌的蛋白质组,属于肿瘤 / 前列腺癌分类。源站描述显示,研究对腺体局限型前列腺肿瘤与非恶性前列腺组织进行了蛋白质组表征,从 FFPE 根治性前列腺切除标本中纯化全细胞蛋白提取物,共包含 28 个肿瘤样本和 8 个相邻非恶性前列腺组织

基本信息
资源简介
局限性前列腺癌蛋白质组数据,第4部分
该数据集名为 The proteome of localized prostate cancer, part 4,来源于 omicsdi.org,归类于肿瘤 / 前列腺癌,主题标签为 Proteomics。其内容围绕局限性前列腺癌的蛋白质组展开,对腺体局限型前列腺肿瘤与非恶性前列腺组织进行蛋白质组表征。研究从 FFPE 根治性前列腺切除标本中纯化全细胞蛋白提取物,共包含 28 个肿瘤样本和 8 个相邻非恶性前列腺组织,并关联 ProteomeXchange 标识 PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD003615、PXD003636、PXD004159。该数据集可用于了解局限性前列腺癌及其邻近非恶性组织的蛋白质组研究材料构成。
【数据集背景】
该数据集属于肿瘤 / 前列腺癌分类,主题标签为 Proteomics,英文名称为 The proteome of localized prostate cancer, part 4。其来源站为 omicsdi.org。从源站描述可知,该研究关注的是腺体局限型前列腺肿瘤与非恶性前列腺组织的蛋白质组表征,属于前列腺癌蛋白质组研究的一部分。数据集名称中的“part 4”表明其可能是一个系列数据中的一个组成部分,但源站未提供该系列其他部分的详细信息。
【数据内容】
该数据集的核心内容是局限性前列腺癌的蛋白质组数据。研究对腺体局限型前列腺肿瘤和非恶性前列腺组织进行了蛋白质组表征。样本方面,共包含 28 个肿瘤样本和 8 个相邻非恶性前列腺组织。样本材料为 FFPE 根治性前列腺切除标本,并从中纯化全细胞蛋白提取物。该数据集关联了多个 ProteomeXchange 标识,包括 PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD003615、PXD003636、PXD004159。除上述信息外,源站未提供关于蛋白质鉴定数量、定量结果、差异表达蛋白或具体蛋白质列表等更详细的数据内容。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 omicsdi.org。样本采集自 FFPE 根治性前列腺切除标本,研究从这些标本中纯化全细胞蛋白提取物。样本包括 28 个肿瘤样本和 8 个相邻非恶性前列腺组织。源站描述未提供样本采集的具体时间、地点、患者人口学信息、临床分期细节或伦理审批信息。该数据集关联的 ProteomeXchange 标识为 PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD003615、PXD003636、PXD004159,这些标识可用于在 ProteomeXchange 中查找对应的原始数据或提交信息。
【适用场景】
该数据集适用于前列腺癌蛋白质组研究相关场景,尤其是针对局限性前列腺癌与相邻非恶性前列腺组织的比较分析。由于样本来自 FFPE 根治性前列腺切除标本,该数据集可用于涉及 FFPE 样本蛋白质组学方法的研究。其主题标签为 Proteomics,因此适合蛋白质组学、肿瘤生物学以及前列腺癌生物标志物探索等方向的研究人员参考。源站未提供该数据集在具体疾病机制、诊断或治疗应用方面的明确适用场景。
【使用方法】
该数据集来源于 omicsdi.org,并关联 ProteomeXchange 标识 PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD003615、PXD003636、PXD004159。使用者可通过这些标识在 ProteomeXchange 中检索和获取相关数据。源站未提供具体的数据下载格式、文件结构、分析流程、软件工具或使用步骤。因此,关于如何具体处理和分析该数据集,源站未提供进一步说明。
【质量与限制】
该数据集包含 28 个肿瘤样本和 8 个相邻非恶性前列腺组织,样本数量相对有限。样本类型为 FFPE 根治性前列腺切除标本,这类样本在蛋白质组学研究中可能涉及特定的提取和质控要求,但源站未提供具体的质量控制指标、数据完整性评估或技术重复信息。源站也未提供关于样本临床背景、随访信息或统计功效的说明。因此,使用该数据集时需注意其样本量和来源描述所限定的范围,不宜外推到更广泛的前列腺癌人群或不同样本类型。
【引用与许可】
该数据集关联 ProteomeXchange 标识 PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD003615、PXD003636、PXD004159,来源站为 omicsdi.org。源站未提供具体的引用格式、作者列表、发表文献、许可协议或使用条款。如需引用或使用该数据集,建议通过上述 ProteomeXchange 标识查询对应的原始提交信息,以获取准确的引用和许可要求。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000080068
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
局限于腺体的前列腺肿瘤与非恶性前列腺组织的蛋白质组特征分析。从FFPE根治性前列腺切除标本中纯化全细胞蛋白提取物,共包括28个肿瘤样本和8个相邻的非恶性前列腺组织。相关ProteomeXchange标识符:PXD003430、PXD003452、PXD003515、PXD003615、PXD003636、PXD004159。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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