局限性前列腺癌蛋白质组数据,第3部分

该数据集来自 omicsdi.org,主题为局限性前列腺癌的蛋白质组。研究对腺体局限型前列腺肿瘤与非恶性前列腺组织进行蛋白质组表征,从 FFPE 根治性前列腺切除标本中纯化全细胞蛋白提取物,共包含 28 个肿瘤样本和 8 个相邻非恶性前列腺组织

omicsdi
浏览 12
蛋白质分类Proteomics
The proteome of localized prostate cancer, part 3

基本信息

模态
蛋白质
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-09

资源简介

局限性前列腺癌蛋白质组数据,第3部分

该数据集名为 The proteome of localized prostate cancer, part 3,来源于 omicsdi.org,主题标签为 Proteomics,本站归类于肿瘤 / 前列腺癌方向。其核心内容是对腺体局限型前列腺肿瘤与非恶性前列腺组织进行蛋白质组表征。研究从 FFPE 根治性前列腺切除标本中纯化全细胞蛋白提取物,共纳入 28 个肿瘤样本和 8 个相邻非恶性前列腺组织,用于比较局限性前列腺癌组织与邻近非恶性组织在蛋白质层面的差异特征。该数据集关联的 ProteomeXchange 标识包括 PXD003430、PXD003452、PXD004132、PXD003615、PXD003636 和 PXD004159,可作为前列腺癌蛋白质组研究的重要资源。

【数据集背景】

前列腺癌是男性常见的恶性肿瘤之一,其中局限性前列腺癌通常指肿瘤仍局限于前列腺腺体内部。对该阶段肿瘤组织与相邻非恶性前列腺组织进行蛋白质组层面的系统表征,有助于理解肿瘤发生发展过程中蛋白质表达与修饰的变化。该数据集聚焦于腺体局限型前列腺肿瘤,采用根治性前列腺切除标本作为研究材料,属于肿瘤蛋白质组学研究的组成部分,主题标签为 Proteomics,本站分类为肿瘤 / 前列腺癌。

【数据内容】

该数据集的核心内容为局限性前列腺癌的蛋白质组数据。研究对象包括 28 个肿瘤样本和 8 个相邻非恶性前列腺组织,样本类型为 FFPE 根治性前列腺切除标本,并从中纯化全细胞蛋白提取物。数据集关联多个 ProteomeXchange 标识:PXD003430、PXD003452、PXD004132、PXD003615、PXD003636、PXD004159。除上述样本数量、样本类型、蛋白提取方式及关联标识外,源站未提供更详细的蛋白质鉴定数量、定量结果、差异蛋白列表或具体临床信息。

【采集与来源】

该数据集来自 omicsdi.org。根据源站描述,样本采集自 FFPE 根治性前列腺切除标本,研究对腺体局限型前列腺肿瘤和非恶性前列腺组织进行蛋白质组表征,全细胞蛋白提取物经过纯化处理。数据集关联的 ProteomeXchange 标识共六项,分别为 PXD003430、PXD003452、PXD004132、PXD003615、PXD003636 和 PXD004159。关于样本采集时间、地点、患者纳入标准、伦理审批信息及具体实验流程,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于局限性前列腺癌蛋白质组的相关研究场景,例如比较肿瘤组织与相邻非恶性前列腺组织在蛋白质层面的差异,探索前列腺癌发生发展中的蛋白质变化,或作为前列腺癌蛋白质组学研究的参考数据。由于主题标签为 Proteomics,其典型用途包括蛋白质组数据的再分析、候选蛋白筛选以及与其他前列腺癌组学数据的整合研究。具体适用场景需结合源站提供的原始数据和分析方法确定,源站未提供更详细的适用建议。

【使用方法】

该数据集关联 ProteomeXchange 标识 PXD003430、PXD003452、PXD004132、PXD003615、PXD003636 和 PXD004159,使用者可通过这些标识在 ProteomeXchange 及相关蛋白质组数据平台检索和获取数据。关于数据下载方式、文件格式、分析流程、软件参数及质控标准,源站未提供。使用时应结合原始数据说明和相应平台的使用条款进行操作。

【质量与限制】

该数据集包含 28 个肿瘤样本和 8 个相邻非恶性前列腺组织,样本来源于 FFPE 根治性前列腺切除标本,并经过全细胞蛋白提取物纯化。FFPE 样本在蛋白质组学研究中可能涉及蛋白提取和修饰方面的技术特点,但源站未提供具体的质控指标、数据完整性评估或批次效应信息。关于样本的临床分期、分级、随访信息及实验重复情况,源站未提供。因此,使用该数据集时需注意其样本量和来源限制,并结合原始数据自行评估质量。

【引用与许可】

该数据集来源于 omicsdi.org,关联 ProteomeXchange 标识 PXD003430、PXD003452、PXD004132、PXD003615、PXD003636 和 PXD004159。关于数据集的引用方式、作者信息、发表文献及许可条款,源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时,应查阅源站及相应 ProteomeXchange 记录以获取准确的引用和许可要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000080070

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

局限性前列腺肿瘤与非恶性前列腺组织的蛋白质组特征分析。从FFPE根治性前列腺切除标本中纯化全细胞蛋白提取物,共获得28份肿瘤样本和8份相邻非恶性前列腺组织。相关ProteomeXchange标识符:PXD003430、PXD003452、PXD004132、PXD003615、PXD003636、PXD004159。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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