局限性前列腺癌蛋白质组数据,第二部分
该数据集来自 omicsdi.org,聚焦局限性前列腺癌的蛋白质组。研究对28例局限于腺体的前列腺肿瘤样本和8例相邻非恶性前列腺组织进行全细胞蛋白提取与质谱表征,样本来源于FFPE根治性前列腺切除标本

基本信息
资源简介
局限性前列腺癌蛋白质组数据,第二部分
该数据集名为 The proteome of localized prostate cancer, part 2,来源于 omicsdi.org,归类于肿瘤 / 前列腺癌方向,主题标签为 Proteomics。其核心内容是对局限性前列腺癌进行蛋白质组层面的表征,研究对象包括28例局限于腺体的前列腺肿瘤样本以及8例相邻的非恶性前列腺组织。研究从FFPE根治性前列腺切除标本中提取全细胞蛋白,并开展质谱分析,旨在呈现肿瘤组织与非恶性组织在蛋白质层面的构成特征。该数据集与多个 ProteomeXchange 标识相关联,包括 PXD003430、PXD003515、PXD004132、PXD003615、PXD003636 和 PXD004159,便于用户在公共蛋白质组数据体系中定位和获取对应数据资源。
【数据集背景】
前列腺癌是肿瘤研究中的重要领域,而局限性前列腺癌通常指肿瘤仍局限于前列腺腺体内部。对该阶段肿瘤进行蛋白质组表征,有助于理解肿瘤组织与非恶性前列腺组织在蛋白质表达和组成上的差异。该数据集聚焦于这一研究对象,以FFPE根治性前列腺切除标本为材料来源,属于蛋白质组学方向的数据资源。其主题标签为 Proteomics,本站分类为肿瘤 / 前列腺癌,来源站为 omicsdi.org。数据集英文名称为 The proteome of localized prostate cancer, part 2,表明其可能是相关研究系列中的第二部分。
【数据内容】
该数据集的内容围绕局限性前列腺癌的蛋白质组展开。研究对28例局限于腺体的前列腺肿瘤样本和8例相邻非恶性前列腺组织进行了全细胞蛋白提取,并开展质谱表征。样本总数为36例,其中肿瘤样本28例,相邻非恶性前列腺组织8例。数据涉及全细胞蛋白提取物,来源于FFPE根治性前列腺切除标本。数据集与六个 ProteomeXchange 标识相关联:PXD003430、PXD003515、PXD004132、PXD003615、PXD003636 和 PXD004159。除上述信息外,源站未提供更详细的蛋白鉴定数量、定量结果、差异蛋白列表或具体质谱参数。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 omicsdi.org。样本采集自FFPE根治性前列腺切除标本,包括28例局限于腺体的前列腺肿瘤样本和8例相邻非恶性前列腺组织。研究对这些样本进行全细胞蛋白提取,并用于蛋白质组表征。数据与 ProteomeXchange 中的多个数据集标识相关联,分别为 PXD003430、PXD003515、PXD004132、PXD003615、PXD003636 和 PXD004159。关于样本的具体采集时间、地点、伦理审批信息、患者临床特征以及样本处理细节,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于局限性前列腺癌蛋白质组相关的研究场景。由于包含肿瘤样本与相邻非恶性前列腺组织的对比材料,可用于探索肿瘤组织与非恶性组织在蛋白质组成上的差异。其主题标签为 Proteomics,适合蛋白质组学分析、肿瘤标志物探索以及前列腺癌分子特征研究等方向。数据来源于FFPE根治性前列腺切除标本,因此也可用于涉及FFPE样本蛋白质组处理和分析的方法学研究。关于该数据集是否适用于特定临床终点、预后判断或治疗反应预测,源站未提供相关信息。
【使用方法】
该数据集可通过来源站 omicsdi.org 获取入口信息,并借助关联的 ProteomeXchange 标识 PXD003430、PXD003515、PXD004132、PXD003615、PXD003636 和 PXD004159 在 ProteomeXchange 体系中查找对应数据。用户可根据这些标识访问原始蛋白质组数据资源。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程、软件参数以及是否需要注册或申请权限,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集包含28例肿瘤样本和8例相邻非恶性前列腺组织,样本来源于FFPE根治性前列腺切除标本,并进行了全细胞蛋白提取和质谱表征。其数据与多个 ProteomeXchange 标识关联,具备一定的公共数据可追溯性。然而,源站未提供样本临床信息、质谱平台细节、蛋白鉴定数量、定量方法、数据完整性评估以及批次效应等信息。因此,在使用该数据集时,关于其质量指标和具体限制,源站未提供,无法进一步说明。
【引用与许可】
该数据集来源于 omicsdi.org,关联的 ProteomeXchange 标识为 PXD003430、PXD003515、PXD004132、PXD003615、PXD003636 和 PXD004159。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款以及是否允许再分发或商业使用,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000080066
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
局限性前列腺肿瘤与非恶性前列腺组织的蛋白质组特征分析。从FFPE根治性前列腺切除标本中纯化全细胞蛋白提取物,共包括28份肿瘤样本和8份邻近非恶性前列腺组织。相关ProteomeXchange标识符:PXD003430、PXD003515、PXD004132、PXD003615、PXD003636、PXD004159。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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