福尔马林固定石蜡包埋前列腺癌组织的RNAseq分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-54460

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了识别复发生物标志物，我们对来自三个独立中心的100名患者的106份福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）前列腺切除样本进行了全局RNA测序，并鉴定出一组由24个基因组成的新生化复发生物标志物。我们在一个包含140名患者的独立公开数据集上验证了这24基因组合，该新组合在预测生化复发（BCR）方面优于先前发表的基于细胞增殖基因集的标志物。此外，我们还发现了Gleason 4+3型与Gleason 3+4型肿瘤之间的基因表达差异。对来自100名患者的106份样本进行了测序。其中6份样本来自两次独立的RNA提取和文库构建。所有样本均取自FFPE根治性前列腺切除标本。样本来源于Atlanta VA Medical Center、U. Toronto Sunnybrook Research Centre和Moffitt Cancer Center。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。