前列腺癌复发数据集

该数据集来自 omicsdi.org,属于肿瘤/前列腺癌领域,主题标签为 Transcriptomics。它由两个子系列组成:GSE18916 包含 42 个前列腺癌样本的表达数据,其中 16 例复发、26 例无复发;GSE18917 包含来自验证数据集的 22 个前列腺癌样本,其中 6 例复发、1

omicsdi
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基因组分类Transcriptomics
Prostate Cancer Recurrence

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-08

资源简介

前列腺癌复发数据集

Prostate Cancer Recurrence 是一个聚焦于前列腺癌复发问题的转录组学数据集,归属于肿瘤 / 前列腺癌领域,主题标签为 Transcriptomics,来源站为 omicsdi.org。该数据集以 SuperSeries 的形式组织,由两个子系列构成,分别收录了前列腺癌样本的表达数据,并按照样本是否复发进行了分组。其中,GSE18916 包含 42 个前列腺癌样本的表达数据,涵盖 16 例复发样本与 26 例无复发样本;GSE18917 则包含来自验证数据集的 22 个前列腺癌样本,涵盖 6 例复发样本与 16 例无复发样本。整体来看,该数据集围绕前列腺癌复发这一临床关注点,提供了可用于转录组层面比较与分析的数据资源。

【数据集背景】

前列腺癌是肿瘤领域的重要研究对象,复发风险及其相关分子特征一直是研究和临床关注的重点。该数据集以 Prostate Cancer Recurrence 为英文名,所属分类为肿瘤 / 前列腺癌,主题标签为 Transcriptomics,说明其核心内容是从转录组角度刻画前列腺癌样本,并围绕复发与否进行组织。数据集来源于 omicsdi.org,属于该来源站收录的资源之一。其源站描述指出,这是一个 SuperSeries,由若干子系列组成,因此它不是单一实验的简单集合,而是将相关子系列整合在一起,以便围绕同一主题进行更完整的观察。就现有信息而言,该数据集的重点在于前列腺癌样本的表达数据,以及复发与无复发两类样本的区分。

【数据内容】

该数据集由两个子系列组成。第一个子系列为 GSE18916,包含 42 个前列腺癌样本的表达数据,其中 16 例为复发样本,26 例为无复发样本。第二个子系列为 GSE18917,包含 22 个前列腺癌样本的表达数据,这些样本来自验证数据集,其中 6 例为复发样本,16 例为无复发样本。两个子系列均以表达数据为核心内容,并按照复发状态进行分组。源站描述中明确列出了这两个子系列及其样本数量与复发、无复发构成,但未提供更细的临床信息、平台信息或表达矩阵的具体格式。除上述内容外,源站未提供其他关于数据内容的信息。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 omicsdi.org。源站描述说明,该 SuperSeries 由以下子系列组成:GSE18916 和 GSE18917。其中,GSE18917 的样本被描述为来自验证数据集。关于样本采集地点、采集时间、采集机构、伦理审批信息以及具体实验平台等内容,源站未提供。因此,就采集与来源而言,可确认的信息主要是其来源站、SuperSeries 的组织方式,以及两个子系列的编号与样本构成。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集适用于围绕前列腺癌复发与无复发样本开展转录组层面的比较分析。由于包含两个子系列,其中 GSE18916 可作为一组表达数据用于分析,GSE18917 来自验证数据集,可用于对相关发现进行验证性观察。主题标签为 Transcriptomics,表明其适用方向集中在转录组学分析。该数据集属于肿瘤 / 前列腺癌领域,因此也可用于前列腺癌相关研究中的表达特征探索。需要说明的是,源站未提供关于具体分析目标、推荐算法或特定研究问题的说明,因此上述适用场景仅依据其数据组织方式和主题标签进行概括。

【使用方法】

该数据集以 SuperSeries 形式组织,并包含 GSE18916 与 GSE18917 两个子系列。源站描述提示可参考各个子系列,因此在使用时可按子系列分别获取和查看数据,也可将两个子系列结合使用,其中 GSE18917 被描述为来自验证数据集。关于数据下载方式、文件格式、预处理步骤、标准化方法、分析工具及代码示例等内容,源站未提供。因此,具体使用方法需依据源站及子系列的进一步说明进行确认。

【质量与限制】

该数据集提供了两个子系列的样本数量及复发、无复发构成,其中 GSE18916 为 42 个样本(16 例复发、26 例无复发),GSE18917 为 22 个样本(6 例复发、16 例无复发)。这些信息为理解数据规模与分组提供了基础。但源站未提供关于数据质量评估、缺失值情况、批次效应、平台差异、样本纳入排除标准以及验证数据集具体来源的说明。此外,源站描述中仅列出子系列编号与样本构成,未提供更详细的临床注释或随访信息。因此,在解释和使用该数据集时,应注意到这些限制,并以源站及子系列的原始说明为准。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 omicsdi.org,源站描述中列出了 GSE18916 与 GSE18917 两个子系列。关于引用方式、许可协议、使用条款以及是否需要获得授权等内容,源站未提供。因此,在引用或使用该数据集时,应查阅来源站及对应子系列的官方页面以获取准确的引用与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-18918

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本超级系列由以下子系列组成:GSE18916:来自42例前列腺癌样本的表达数据——其中16例复发,26例无复发;GSE18917:来自验证数据集的22例前列腺癌样本的表达数据——其中6例复发,16例无复发。详情请参阅各子系列。

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