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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA169417：毒物诱导恶性转化后异常DNA甲基化模式（MeDIP-chip数据集2）

PRJNA169417 是一个围绕毒物诱导恶性转化后异常 DNA 甲基化模式而建立的表观基因组学数据集，英文全称为 Patterns of aberrant DNA methylation after toxicant-induced malignant transformation，属于 MeDIP-chip dataset 2。该数据集以 Homo sapiens 为研究对象，采用 MeDIP-chip 方法获取甲基化相关数据，主题标签为 Epigenomics，在 BioProject 体系中的编号为 169417。其核心价值在于为研究恶性转化过程中 DNA 甲基化改变及相关表观遗传机制提供数据基础，本站将其归类于肿瘤 / 前列腺癌方向。整体而言，该数据集聚焦于毒物暴露导致细胞恶性转化这一过程，通过甲基化 DNA 免疫沉淀结合芯片检测的手段，刻画转化前后异常甲基化模式，可供表观遗传学、肿瘤生物学及毒理学相关研究参考使用。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 体系。BioProject 是围绕单一研究计划或项目而汇集多种生物数据的集合，通常由单一机构或联合体发起。一个 BioProject 记录为用户提供统一入口，用以查找该项目所产生的不同类型数据。PRJNA169417 即属于此类项目记录，其研究主题为毒物诱导恶性转化后的异常 DNA 甲基化模式。从标题可以看出，该研究关注的是在毒物作用下细胞发生恶性转化之后，DNA 甲基化所呈现的异常变化，属于表观遗传学与肿瘤发生机制交叉的研究范畴。本站将其分类为肿瘤 / 前列腺癌，提示该数据集可能与前列腺癌相关研究背景存在关联。

【数据内容】

该数据集为 MeDIP-chip dataset 2，即基于甲基化 DNA 免疫沉淀（MeDIP）结合芯片（chip）技术所产生的数据集合。其物种为 Homo sapiens。主题标签为 Epigenomics，表明数据内容属于表观基因组学范畴。数据围绕毒物诱导恶性转化后异常 DNA 甲基化模式这一核心问题展开，可用于研究恶性转化过程中 DNA 甲基化改变及相关表观遗传机制。关于数据的具体样本数量、芯片平台、甲基化位点数目、数据文件格式与体积等细节，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 Homo sapiens (ID 169417) - BioProject - NCBI。该项目记录由 NCBI 的 BioProject 体系收录，项目编号为 169417。关于样本采集的具体组织类型、细胞模型、毒物种类与暴露条件、实验处理流程、时间节点等采集细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于表观遗传学与肿瘤生物学相关研究，尤其是围绕毒物诱导恶性转化过程中 DNA 甲基化改变及其相关表观遗传机制的探索。由于本站将其归类为肿瘤 / 前列腺癌，也可作为前列腺癌相关表观遗传研究的参考数据。此外，该数据集可用于甲基化模式比较、异常甲基化区域识别等分析场景。关于更具体的适用分析类型或下游应用，源站未提供。

【使用方法】

该数据集为 MeDIP-chip 类型数据，通常需要结合相应的芯片数据处理流程进行分析。关于本数据集的具体使用步骤、推荐分析工具、参数设置及操作流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject 体系，具有统一的项目记录入口。关于数据质量评估指标、覆盖度、重复性、批次效应及具体使用限制等信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 169417。关于具体的引用格式、许可条款及使用授权信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE38928

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA169417

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

异常的DNA甲基化在癌症中经常被观察到。本研究的目的是确定在毒物诱导的恶性转化后，DNA甲基化如何变化。本研究还将DNA甲基化变化与不与毒物暴露相关的膀胱和前列腺癌变过程中出现的异常DNA甲基化事件联系起来。总体设计：将永生化UROtsa细胞（n=3）和RWPE-1细胞（n=2）分别与正常HUC细胞（n=2）和PrEC细胞（n=2）进行比较。将亚砷酸盐（n=1）、单甲基亚砷酸（n=2）或镉（n=1）转化的UROtsa细胞与亲本UROtsa细胞（n=3）进行比较。将亚砷酸盐（n=2）、镉（n=1）或MNU（n=1）转化的RWPE-1细胞与亲本RWPE-1细胞（n=2）进行比较。将临床膀胱肿瘤活检样本（n=6）、尿路上皮癌细胞系（n=2）和前列腺癌细胞系（n=3）与其对应的正常组织HUC（n=2）和PrEC（n=2）进行比较。使用抗甲基胞嘧啶（5MeC）抗体进行免疫沉淀。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别