基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJEB97634：Cancer Research 2025 论文配套原始数据

PRJEB97634 是一个面向肿瘤学特别是前列腺癌研究领域的原始测序数据集，其全称为“Companion raw data for Cancer Research 2025 paper”。该数据集收录了与前列腺癌细胞系相关的 RNA-seq 和 MeRIP 分析原始测序读段，这些细胞系经过 ZC3H13 基因激活或失活修饰。数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，在分类上归属于肿瘤 / 前列腺癌方向，主题标签为 Other。作为一篇 Cancer Research 2025 论文的配套原始数据，它为研究者提供了可直接用于重新分析或验证的测序原始材料，有助于深入探索 ZC3H13 基因在前列腺癌中的功能及其转录后调控机制。

【数据集背景】

该数据集是 Cancer Research 2025 论文的配套原始数据，研究背景聚焦于前列腺癌。论文所涉及的核心生物学问题是 ZC3H13 基因的激活或失活对前列腺癌细胞系的影响。ZC3H13 是 m6A RNA 甲基化修饰复合体的重要组分，而 MeRIP 分析正是用于研究 RNA 甲基化修饰的常用技术手段。因此，该数据集通过 RNA-seq 和 MeRIP 两种测序策略，从转录组表达和 RNA 甲基化修饰两个层面，为理解 ZC3H13 在前列腺癌中的调控作用提供了原始数据基础。数据集的主题标签为 Other，表明其可能涵盖除常规分类外的交叉或新兴方向。

【数据内容】

数据集包含原始测序读段，具体涉及两类分析：RNA-seq 和 MeRIP。RNA-seq 用于捕获前列腺癌细胞系在 ZC3H13 基因激活或失活条件下的转录组表达信息；MeRIP 则用于富集和检测 RNA 甲基化修饰位点，从而揭示 ZC3H13 对 m6A 修饰格局的影响。所有数据均以原始测序读段形式提供，未经过进一步加工或汇总。关于样本数量、测序深度、读长、文件格式、数据量大小等具体参数，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心。数据产生自前列腺癌细胞系实验，这些细胞系经过了 ZC3H13 基因的激活或失活修饰。实验采用 RNA-seq 和 MeRIP 两种测序方法，所得原始读段被提交至 NCBI 相关数据库并归档为 PRJEB97634。关于具体的细胞系名称、培养条件、处理方式、测序平台、建库试剂盒、测序中心等采集细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于前列腺癌相关的基础与转化研究，尤其适合关注 ZC3H13 基因功能、RNA 甲基化修饰（m6A）以及转录后调控机制的研究者。具体应用场景包括：重新分析 RNA-seq 数据以鉴定差异表达基因或可变剪接事件；分析 MeRIP 数据以定位甲基化修饰峰并比较不同 ZC3H13 状态下的修饰差异；将本数据集与其他公共数据整合，探索 ZC3H13 在肿瘤中的调控网络；或作为方法学研究的测试数据，用于开发和验证 RNA-seq 与 MeRIP 数据分析流程。此外，由于该数据集是论文的配套原始数据，也适合用于重复论文中的关键分析或开展独立验证。

【使用方法】

使用者可通过 ncbi.nlm.nih.gov 访问该数据集，通常需要利用 NCBI 提供的相关工具或下载协议获取原始测序读段文件。获得数据后，常规分析流程包括：对 RNA-seq 读段进行质控、比对至参考基因组、定量基因或转录本表达水平、进行差异表达分析；对 MeRIP 读段进行质控、比对、峰识别和注释，进而比较不同条件下的甲基化修饰差异。由于数据为原始读段，使用者需要具备一定的生物信息学分析能力，并自行准备参考基因组、注释文件及分析软件。关于具体的下载链接、文件清单、数据访问编号或推荐分析工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集作为 Cancer Research 2025 论文的配套原始数据，其质量与论文发表所要求的原始数据标准一致。然而，关于原始读段的质量评分、污染检测、重复性验证、批次效应等具体质量指标，源站未提供。在限制方面，数据集仅涵盖 RNA-seq 和 MeRIP 两种测序类型，且仅针对经过 ZC3H13 激活或失活修饰的前列腺癌细胞系，因此结论的外推需谨慎。此外，由于缺乏样本数量、测序深度等元数据，使用者在进行功效分析或比较研究时可能受到限制。源站未提供关于数据使用范围、伦理审批或潜在偏倚的进一步说明。

【引用与许可】

使用该数据集时，应引用其对应的 Cancer Research 2025 论文以及 NCBI 数据库中的 PRJEB97634 记录。关于具体的引用格式、论文作者、论文标题、DOI 或 PubMed ID，源站未提供。在许可方面，源站未提供明确的许可条款或使用限制。建议使用者直接访问 ncbi.nlm.nih.gov 查看该数据集的最新许可与使用政策，并遵循 NCBI 的一般数据使用规范。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB97634

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB97634

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含用于前列腺癌细胞系中RNA-seq和MeRIP分析的原始测序reads，这些细胞系通过激活或失活ZC3H13基因进行了修饰。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别