初治前列腺癌患者配对肿瘤活检和外周血单个核细胞的T细胞受体β免疫组库靶向二代测序原始数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB111685

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究提供了来自未经治疗的前列腺癌患者的T细胞受体β（TCRβ）组库的原始下一代测序（NGS）数据。收集并处理了配对的肿瘤活检样本和外周血单个核细胞（PBMC），使用Oncomine TCR Beta assay（Thermo Fisher Scientific）对TCRβ重排进行靶向扩增和测序。该数据集包括对应于源自肿瘤和外周区室的各个文库的高通量测序读段（FASTQ文件）。相关元数据描述了样本来源（肿瘤活检或PBMC）、患者标识符以及文库制备和测序参数。这些数据可用于分析TCRβ组库组成，包括克隆型多样性、克隆扩增以及互补决定区3（CDR3β）的序列特征。该数据集支持抗原驱动T细胞反应的研究，以及肿瘤浸润性和循环T细胞群体之间的比较分析。所有原始测序数据均已存入符合International Nucleotide Sequence Database Collaboration（INSDC）标准的公共存储库，并在发表前以受控访问方式提供。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。