LNCaP前列腺癌细胞：对照 vs siRNA-PCAT1处理

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-29886

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

比较对照siRNA处理的LNCaP细胞与经靶向前列腺癌相关转录本-1（PCAT1）的siRNA处理的LNCaP细胞的转录谱分析。PCAT1是一种尚未被表征的长链非编码RNA。对人类癌症中polyA+ RNA的高通量测序（RNA-Seq）显示出显著潜力，可用于识别新型疾病特异性临床标志物以及肿瘤生物学中尚未被表征的方面，尤其是非编码RNA（ncRNA）种类。为说明该方法，我们对102份前列腺组织和细胞系组成的队列进行了RNA-Seq，发现新型组织特异性ncRNA的异常表达谱可区分良性、癌性和转移性肿瘤。其中，一种新型前列腺癌特异性ncRNA（命名为PCAT-1）界定了一个侵袭性癌症亚群，该亚群中表观遗传调控因子EZH2表达较低；EZH2是多梳抑制复合物2（PRC2）的组分，在转移性癌症中通常上调。针对核心PRC2基因的体外实验表明，PRC2复合物直接结合并抑制PCAT-1，而PCAT-1转录本反过来结合PRC2，提示存在调控反馈机制。

重要的是，在内源性PCAT-1转录本水平高的细胞中敲低PCAT-1，可观察到细胞增殖变化以及包括细胞周期在内的若干关键生物学过程的转录调控改变。最后，我们证明包括PCAT-1在内的ncRNA表达特征可用于前列腺癌的无创检测，且高ncRNA表达特征值与高级别组织学相关。本文所呈现的研究结果确立了RNA-Seq在全面鉴定定义人类疾病状态的未注释ncRNA方面的实用性，并将PCAT-1表征为一种新型细胞增殖调控因子，其在机制上与PRC2相关联，并有助于前列腺癌的转化性临床检测。双条件实验：对照-siRNA处理组对比PCAT1-s

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。