LNCaP LSD1敲低与SP-2509处理ChIP-seq数据

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-77762

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

LSD1（也称为KDM1A）是一种组蛋白去甲基化酶，是胚胎干细胞和癌症中基因表达的关键调控因子。1,2 LSD1最初被鉴定为转录抑制因子，通过其对活性组蛋白H3标记（二甲基化赖氨酸4 [2MK4]）的去甲基化作用实现。1 具体在前列腺癌中，LSD1还与雄激素受体（AR）共定位，并从雄激素应答的AR靶基因上去除抑制性2MK9组蛋白标记，促进雄激素介导的AR调控基因表达诱导以及雄激素依赖性癌症中雄激素诱导的增殖。我们在此报告，LSD1蛋白在人类去势抵抗性前列腺癌（CRPC）中普遍上调，并促进CRPC细胞系的存活。这种效应部分可通过LSD1诱导的细胞周期和胚胎干细胞基因集激活来解释——这些基因集在致死性人类肿瘤的转录组研究中富集。重要的是，尽管其中许多基因是LSD1的直接靶标，但我们在LSD1结合区域未观察到组蛋白甲基化变化，表明存在非经典的、不依赖组蛋白去甲基化的基因调控机制。

该ChIP-seq数据集包括针对LSD1的siRNA和 nontargeting对照的H3K4me2和H3K9me2 ChIP-seq数据，以及SP2509抑制LSD1和模拟处理的4种条件：针对LSD1的siRNA、针对荧光素酶的siRNA（非靶向对照）；SP2509抑制LSD1、模拟处理。每种条件有2个重复。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。