整合基因组、转录组和RNAi分析提示FAM110B在去势抵抗性前列腺癌中的潜在致癌作用

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-28403

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数据说明

背景：去势抵抗性前列腺癌（CRPC）对当前药物而言是一项治疗挑战。方法：为了探索参与CRPC进展的分子机制并确定新的治疗靶点，我们通过阵列比较基因组杂交（array-CGH）和基因表达微阵列分析了一组独特的样本集，包括11例去势抵抗性前列腺癌和7例晚期肿瘤。整合全基因组DNA和RNA数据，以识别因基因扩增而导致过表达的基因。为了评估这些基因的功能作用，我们在329例临床前列腺癌的转录数据集中分析了它们的表达，并使用RNA干扰技术在前列腺癌细胞中沉默了相应的基因产物。结果：在CRPC中鉴定出六个反复出现的遗传靶点：ATP1B1、AR、FAM110B、LAS1L、MYC和YIPF6。除AR和MYC外，FAM110B在一部分肿瘤中成为可能参与CRPC进展的关键基因。FAM110B能够调节前列腺癌细胞中的AR信号传导，而FAM110B本身受雄激素调控。

FAM110B siRNA在体外抑制了前列腺癌细胞的生长，而这种效应在雄激素缺乏条件下显著增强。在非癌性前列腺上皮细胞中异位表达FAM110B可诱导非整倍体并损害抗原呈递。结论：DNA/RNA基因异常值检测结合siRNA细胞增殖实验，确定FAM110B为CRPC潜在促生长关键基因。FAM110B似乎在前列腺癌雄激素信号传导和CRPC进展中发挥关键作用，影响多个癌症标志，因此突显出一个潜在的治疗靶点。[1] 使用Affymetrix GeneChip Human Genome U133 plus 2.0阵列测量了13个样本的基因表达水平。样本处理和标记按照Affymetrix提供的方案进行。每个样本使用3微克总RNA进行初始单循环

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。