前列腺癌细胞系PC-3特异性相互作用组构建

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE67157

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们研究的目的是通过整合公共可用的微阵列样本，构建前列腺癌细胞特异性相互作用组，并识别控制前列腺癌细胞周期进程的新转录调控因子。我们从11项先前研究及我们自己的研究数据GSE45567中收集了121个PC-3细胞微阵列数据样本，并进行了预处理步骤，如质量控制测试、标准化和批次效应调整。在质量控制测试中，移除了10个低质量样本。我们存放在GEO中的矩阵数据包含了110个样本中常见的11,877个基因的标准化log2信号强度，因为这些样本来自不同的Affymetrix平台。基因ID通过在不同Affymetrix平台间重叠的Entrez基因ID进行识别（文件：GSE67157_Matrix_PC-3cell_Interactome.txt）。在GSE45567数据集中，作为12个数据集之一，我们选择了经载体、 cineol、linalool和geraniol处理的PC-3细胞的微阵列样本，并进行了无监督聚类分析，以建立表型转变清晰的可靠聚类。

然后，将香叶醇组相对于溶剂对照组中特异性富集或耗竭的基因集用于基因集富集分析（GSEA）。我们发现细胞周期相关的基因特征在香叶醇组中特异性下调。利用精确细胞网络重建算法（ARACNe，PMID：16723010）从110个微阵列样本中组装了PC-3细胞特异性相互作用组。我们使用主调控因子分析-费舍尔精确检验（MRA-FET，PMID：20531406）来推断作为香叶醇靶分子并控制细胞周期基因特征的转录因子。我们发现E2F8是一个主调控因子，可将香叶醇特异性基因调控至G2/M细胞周期阻滞。我们的发现将为E2F8在前列腺癌中通过转录调控导致细胞周期靶向化疗药物开发的作用提供生物学见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。