人前列腺肿瘤原代培养物的基因表达谱分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE3868

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

前列腺癌的组织病理学和分子异质性以及人类肿瘤组织获取受限，使得阐明前列腺癌发生机制成为一项艰巨的任务。我们的目标是开发一种体外模型，能够可靠地用于基于维持肿瘤表型的细胞培养物基因表达谱分析来定义预后特征。为此，我们从59例因前列腺良性增生/前列腺癌或膀胱癌接受根治性前列腺切除术或膀胱前列腺切除术的患者的外植组织中建立了上皮培养物。患者选择标准为术前未接受激素新辅助治疗且诊断为临床局限性疾病。利用这一独特的实验材料，我们在Affymetrix Human U133A基因芯片平台上分析了22,500个转录本的表达。以具有优势腔面表型的正常/增生组织培养物以及具有基底表型的正常前列腺上皮组织（PrEC）作为对照。我们已建立了大量高度富集分泌表型的前列腺原代培养物。

我们从中得出了一种上皮限制性的转录特征，该特征：1）能够区分正常细胞与肿瘤细胞；2）清晰地将癌症来源的细胞系分为两个不同的组，这两组与疾病的惰性和侵袭性临床行为相关。我们的发现提供了：1）一种扩增具有管腔表型的人原代前列腺癌细胞的方法；2）一个用于研究原发前列腺癌生物学的强大实验模型；3）一种从分子遗传学角度表征这些肿瘤的新手段，用于预后和/或预测目的。关键词：前列腺癌；基因图谱；原代培养；预后；分子病理学。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。