中国患者前列腺癌与BPH表达谱数据集

该SuperSeries由若干SubSeries组成,可用于比较前列腺癌与BPH样本间的表达差异,支持肿瘤分类、差异表达分析及非编码RNA相关研究(来源 NCBI)

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基因组分类Non-coding RNA profiling by arrayGPL64809606
GSE34933: Expression profiles in PCa And BPH from Chinese patients

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-23

资源简介

中国患者前列腺癌与BPH表达谱数据集

GSE34933 是一个以前列腺癌与良性前列腺增生(BPH)为比较对象、来自中国患者样本的表达谱数据集,源站标题为“Expression profiles in PCa And BPH from Chinese patients”。该数据集属于肿瘤/前列腺癌分类,由 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov)提供,作者为 Weide,Zhong,发布时间为 201 年 1 月 9 日。其主题标签涉及非编码 RNA 芯片分析、GPL6480 平台以及物种编号 9606。数据集以 SuperSeries 形式组织,源站说明其由下列 SubSeries 组成,可用于比较前列腺癌与 BPH 样本之间的表达差异,支持肿瘤分类、差异表达分析及非编码 RNA 相关研究。

【数据集背景】

该数据集聚焦于前列腺癌(PCa)与良性前列腺增生(BPH)两类前列腺组织样本的表达谱比较,样本来源为中国患者。源站标题明确指向“PCa And BPH from Chinese patients”,说明其设计目标是在同一研究框架下对比肿瘤与良性增生组织的表达特征。数据集以 SuperSeries 形式发布,源站描述指出该 SuperSeries 由所列的 SubSeries 组成,因此其整体内容由若干子系列汇聚而成,便于围绕前列腺癌与 BPH 的表达差异开展系统分析。

【数据内容】

数据集当前提供 1 个文件,文件样例为 GSE34933_series_matrix.txt.gz,即 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。主题标签显示其属于“Non-coding RNA profiling by array”,平台标注为 GPL6480,物种编号为 9606。结合源站描述,该 SuperSeries 由若干 SubSeries 组成,系列矩阵文件通常承载样本与表达值等核心信息。除上述文件与标签信息外,源站未提供更细的字段结构、样本数量或分组明细。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 Weide,Zhong,发布时间为 201 年 1 月 9 日。源站标题与描述表明样本来自中国患者的前列腺癌与 BPH 组织,并以 SuperSeries 形式组织发布。关于具体的样本采集流程、临床信息、伦理审批及处理步骤,源站未提供。

【适用场景】

依据源站线索,该数据集可用于比较前列腺癌与 BPH 样本间的表达差异,支持肿瘤分类、差异表达分析以及非编码 RNA 相关研究。由于主题标签指向非编码 RNA 芯片分析,其适用方向包括围绕非编码 RNA 的表达谱比较与筛选;同时,PCa 与 BPH 的对照设计也适合用于两类前列腺组织的表达特征对比研究。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE34933_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因字段解析或编码不一致导致的分析偏差。由于该数据集为 SuperSeries,实际分析时还需结合其 SubSeries 的组织方式理解数据层次;关于 SubSeries 的具体构成与文件对应关系,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集文件数量为 1,文件样例为系列矩阵文件,主题标签涉及 GPL6480 平台与物种编号 9606。源站描述仅说明其为由 SubSeries 组成的 SuperSeries,未提供样本量、临床注释完整度、数据预处理方法或质控指标等信息,因此无法据此评估其数据质量细节。此外,发布时间标注为 201 年 1 月 9 日,年份信息不完整,引用时需注意核对。关于批次效应、缺失值及归一化处理等情况,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Weide,Zhong,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“Expression profiles in PCa And BPH from Chinese patients”。关于该数据集的具体引用格式、许可条款及使用限制,源站未提供,使用前应向源站核实相关要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE34933

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.

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