LNCaP前列腺癌细胞中FOXA1与TRIM28敲低的RNA-seq分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE343103

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究探讨了在LNCaP前列腺癌细胞中敲低FOXA1或TRIM28后的转录组变化。将针对FOXA1或TRIM28的shRNA以及相应的阴性对照shRNA转导/转染至LNCaP细胞。从生物学重复样本中提取总RNA，并进行高通量RNA测序。通过差异基因表达分析，识别受FOXA1或TRIM28缺失影响的基因和通路。该数据集为研究FOXA1和TRIM28在前列腺癌细胞中的转录调控作用提供了资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。