GSE336635：tRNA剂量通过密码子偏好调控前列腺癌谱系可塑性与治疗耐药 [RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE336635

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

谱系可塑性是癌症治疗耐药的基础，然而使这种表型灵活性得以实现的翻译机制在很大程度上仍不清楚。以前列腺癌作为谱系依赖性的范式，我们进行了无偏小RNA测序，并鉴定出tRNAArg(UCU)-1是谱系转换和治疗耐药的调控因子。tRNAArg(UCU)-1对于重编程谱系依赖性既是必要的也是充分的，而该依赖性可被调控以恢复对雄激素受体靶向治疗的敏感性。我们鉴定出TARDBP和ZSCAN29是直接结合tRNAArg(UCU)-1基因组位点以调控其表达的DNA结合蛋白，揭示了非经典tRNA特异性基因调控的重要性。在机制上，tRNAArg(UCU)-1控制一个以SWI/SNF染色质重塑因子为中心的翻译程序，而这些重塑因子是维持谱系保真性所必需的。在患者中，tRNAArg(UCU)-1在神经内分泌前列腺癌中下调，其缺失与转移加速和生存期差相关。

这些发现揭示了一个此前未被认识的tRNA特异性调控轴，它将密码子生物学与前列腺癌的谱系依赖性和治疗耐药性联系起来。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。