GSE33557：人前列腺癌Wnt信号通路实时定量PCR分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE33557

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

采用TaqMan低密度芯片对一组前列腺癌细胞系和组织标本进行了Wnt信号通路基因的综合表达分析。使用DNMT抑制剂5-Aza-CdR研究了DNA甲基化对基因表达的影响。来自不同疾病状态的组织标本被用来代表前列腺癌的逐步进展，包括良性前列腺增生(BPH)、邻近肿瘤的组织学良性上皮(HB)、浸润前高级别前列腺上皮内瘤变(HGPIN)以及分为低级别和高级别疾病的原发性局限性肿瘤。鉴定出15个Wnt信号相关基因在前列腺癌中表达显著改变，其中大多数在肿瘤中上调。值得注意的是，来自前列腺癌男性的组织学良性组织与肿瘤的相似性(r=0.76)高于与BPH的相似性(r=0.57)(P<0.001)。总体而言，高Gleason评分(≥7)和低Gleason评分(≤6)肿瘤之间的表达谱高度相似。PC-3细胞的药理学去甲基化重新激活了38个基因(≥2倍)，其中40%抑制Wnt信号传导。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。