精液细胞外囊泡sncRNA谱鉴别PSA灰区良性恶性前列腺疾病

该数据集来自NCBI GEO,包含一项关于精液小细胞外囊泡(sEVs)中小RNA谱(含miRNA和tsRNA)的高通量测序研究,旨在发现可用于区分良性前列腺疾病与恶性前列腺癌的非侵入性生物标志物,尤其针对PSA水平中度升高的患者

geo
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基因组分类GPL246769606
GSE330457: A sncRNA profile of semen extracellular vesicles as non-invasive biomarker to discriminate benign from malignant prostate disease in the PSA grey zone

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-23

资源简介

精液细胞外囊泡sncRNA谱鉴别PSA灰区良性恶性前列腺疾病

A sncRNA profile of semen extracellular vesicles as non-invasive biomarker to discriminate benign from malignant prostate disease in the PSA grey zone

该数据集来自NCBI GEO,包含一项关于精液小细胞外囊泡(sEVs)中小RNA谱(含miRNA和tsRNA)的高通量测序研究,旨在发现可用于区分良性前列腺疾病与恶性前列腺癌的非侵入性生物标志物,尤其针对PSA水平中度升高的患者。数据文件为GSE330457_series_matrix.txt.gz,共1个文件,主题标签涉及非编码RNA表达谱分析,适用于前列腺癌诊断标志物筛选与分类模型构建(来源 NCBI)。

【数据集背景】

源站首次发布:May 08 202。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):前列腺特异性抗原(PSA)检测在前列腺癌的诊断检查中发挥重要作用;尽管其癌症特异性低是一个公认的局限。这一事实一方面导致潜在的过度诊断和过度治疗,另一方面导致诊断延迟或漏诊。因此,越来越需要更可靠的非侵入性诊断工具,能够提高特异性同时保持敏感性,从而实现更好的风险分层、个性化患者管理并减少不必要的侵入性操作。在本研究中,我们利用高通量测序表征了精液小细胞外囊泡(sEVs)中的小RNA谱——包括miRNA和tsRNA——以改进生物标志物的发现,用于区分良性前列腺疾病与恶性前列腺癌,特别是在PSA水平中度升高的患者中。

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 0 B。

【主题与分类】

主题标签:GPL24676、9606。本站分类:肿瘤/前列腺癌。

【获取与许可】

源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE330457

【使用注意】

· 源站最后修改于 Aug 05 202,引用时请注意版本时效。

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE330457

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

前列腺特异性抗原(PSA)检测在前列腺癌的诊断评估中发挥着重要作用,尽管其癌症特异性较低这一局限性已被广泛认识。这一事实一方面导致了潜在的过度诊断和过度治疗,另一方面也造成了诊断的延迟或遗漏。因此,越来越需要更可靠的非侵入性诊断工具,能够在保持灵敏度的同时提高特异性,从而实现更好的风险分层、个性化患者管理以及减少不必要的侵入性操作。在本研究中,我们利用高通量测序技术对精液小细胞外囊泡(sEVs)中的小RNA图谱(包括miRNA和tsRNA)进行了表征,以促进用于区分良性与恶性前列腺疾病的生物标志物发现,尤其是在PSA水平中度升高的患者中。我们的分析证实,良性与恶性前列腺疾病之间精液sEVs中sncRNA含量的差异极小,这与先前的RT-qPCR芯片数据一致。

这一结果表明,共享的潜在分子机制很可能尤其发生在这组PSA水平中等的患者中。鉴于潜在病理生理过程的复杂性及临床表型的异质性,建议采用多变量方法(包括isomiRs或tRFs)作为前列腺癌生物标志物,以提高准确性并增强PSA在临床应用中阴性预测值。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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