非裔美国人前列腺癌转录组与表观基因组DNA甲基化变化的比较与整合分析 [Baylor]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE323385

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

非裔美国人（AA）男性患前列腺癌（PCa）的发病率和死亡率高于任何其他种族/族裔群体。迄今为止，PCa基因组研究在很大程度上未能充分代表AA男性的肿瘤样本。我们使用Illumina Infinium 850K EPIC芯片检测了AA男性良性及肿瘤前列腺组织中的全基因组DNA甲基化。利用AA生物样本子集的mRNA表达数据库评估转录组与甲基化数据集的相关性。全基因组甲基化分析识别出11，460个探针，这些探针在AA PCa中与正常前列腺组织相比具有显著性（p < 0.01）差异甲基化，并且与mRNA表达呈显著（p < 0.01）负相关。与TCGA数据集相比，我们的AA数据集中的Ingenuity通路分析和基因本体论分析显示了相似的甲基化模式：具有显著高甲基化和相应基因表达下调的顶级候选基因与半桥粒组装、乳腺发育、表皮发育、激素生物合成和细胞通讯等生物学通路相关。

此外，具有显著低甲基化及相应表达上调的顶级候选基因与巨噬细胞分化、cAMP依赖性蛋白激酶活性、蛋白质去稳定化、转录共抑制以及脂肪酸生物合成等生物学通路相关。相比之下，我们的AA数据集与TCGA数据集相比，全基因组甲基化差异在类固醇信号传导、免疫信号传导、染色质结构重塑和RNA加工相关基因中富集。总体而言，AMIGO3、IER3、UPB1、GRM7、TFAP2C、TOX2、PLSCR2、ZNF292、ESR2、MIXL1、BOLL和FGF6的差异甲基化具有显著性，并且在我们AA队列中独特地与PCa进展相关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。