GSE305752：单细胞分析揭示无Matrigel患者来源类器官中保留的前列腺癌谱系及普遍改变的通路

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE305752

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数据说明

患者来源类器官（PDOs）在前列腺癌（PCa）研究中的应用一直受限于较低的建成率和良性细胞过度生长。我们强调了现有培养条件的局限性，并确定细胞外基质（ECM）组成是决定类器官结果的关键因素。单细胞RNA测序（scRNA-seq）显示，无Matrigel的PDOs保留了具有活跃AR信号的患者特异性PCa细胞，并富集中间型细胞。相比之下，Matrigel无法维持原代PCa细胞，并产生与患者样本不同的体外基底样细胞。此外，我们重新定义了细胞类型特征，鉴定了区分肿瘤与其他所有细胞类型的生物标志物，并表明层粘连蛋白结合整合素的表达是Matrigel来源类器官的标志。最后，将先前发表的数据集与我们的数据整合，我们生成了前列腺PDO单细胞图谱（PPScA）。PPScA捕获了一系列细胞身份，并揭示了在体外普遍改变的通路。我们的研究为短期培养提供了方法学改进，并提供了细胞生物学见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。