前列腺癌肿瘤缺氧水平下microRNA空间调控分析数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE259218

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目前尚不清楚患者肿瘤中不同缺氧严重程度下调控基因表达程序的机制。本研究旨在确定前列腺癌中从moderate到severe的特定缺氧水平下microRNA（miRNA）对该程序的调控作用。研究使用了95例患者的活检组织，其中83例患者在前列腺切除术前接受了缺氧标志物pimonidazole注射。从pimonidazole染色的组织切片中提取了40个缺氧水平，并与RNA测序和Illumina bead arrays确定的miRNA及基因表达谱进行相关性分析。由此鉴定出与moderate缺氧（n=7）和severe缺氧（n=28）相关的miRNA，并预测了其靶基因。miRNA或靶基因的评分显示出预后意义，并在417例患者的外部队列中得到验证。靶基因在所有缺氧水平下均富集细胞增殖和MYC激活的基因集，而在severe缺氧下富集PTEN失活的基因集。这一结果通过MYC和PTEN的RT-qPCR、Ki67免疫组化以及外部队列的基因集分析得到证实。

为评估miRNA调控是否发生在预测的缺氧区域内，采用了一种在特定缺氧水平下量化多种组织病理学参数共定位的方法。高Ki67增殖指数在所有水平下均与缺氧显著共定位。该共定位指数与不良预后密切相关。PTEN染色缺失与严重缺氧显著共定位。miRNA评分与Ki67染色和缺氧的共定位指数相关，这与重叠区域内miRNA调控的情况一致。通过原位杂交显示严重缺氧区域内miR-210-3p的表达，证实了这一点。进行了细胞系实验（22Rv1、PC3）以确定miRNA和靶基因是否直接受缺氧调控。其中大多数对缺氧无响应，可能受其他机制如MYC激活的调控。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。