雄激素受体介导转录的表观遗传与染色质环动态解析 [ChIP-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE251894

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

雄激素受体（AR）介导的转录在前列腺正常发育和前列腺癌生长中发挥关键作用。AR通过结合数千个顺式调控元件（CRE）来驱动基因表达，这些元件与数百个靶启动子形成环化相互作用。由于多个CRE可与单个启动子相互作用，单个AR结合的CRE如何贡献于基因表达仍不清楚。为了表征这些CRE的参与情况，我们研究了AR驱动的表观遗传和染色体染色质环化变化。我们收集了一个动态多组学数据集，包括稳态mRNA、染色质可及性、转录因子结合、组蛋白修饰、染色质环化和新生RNA。利用整合调控网络，我们发现AR结合诱导CRE处表观遗传特征的序贯变化，且独立于基因表达。此外，我们表明AR的结合并未导致染色质环的实质性重排，而是增加了预先存在的环与靶启动子的接触频率。我们的结果表明，基因表达与接触频率的变化强烈相关。

随后，我们提出并通过实验验证了一个非平衡多增强子模型，其中AR结合增强子对基因表达的影响具有异质性，且与其同靶基因启动子的接触频率成正比。总体而言，这些发现为急性雄激素刺激下AR介导的基因表达提供了新见解，并构建了一个研究核受体介导扰动的机制框架。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。