Lipin-1抑制改变去势抵抗性前列腺癌细胞的转录组与脂质组

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE247919

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数据说明

脂蛋白家族由三个成员（lipin-1、lipin-2和lipin-3）组成，它们均为磷脂酸磷酸酶。脂蛋白通过将磷脂酸转化为二酰甘油来促进脂质合成与重塑。lipin-1和lipin-2还是过氧化物酶体增殖物激活受体（PPARs）的转录共调节因子。我们先前的研究显示，lipin-1在多种前列腺癌细胞系中存在差异性表达，且代表晚期前列腺癌的细胞中lipin-1表达更高。然而，lipin-1在前列腺癌细胞生长中的作用尚未完全明确。本研究通过在遗传学上抑制lipin-1基因（LPIN1）的PC-3细胞中进行RNA测序和定性LC-MS/MS分析，探讨了lipin-1在前列腺癌细胞功能中的作用。对LPIN1敲低PC-3细胞的转录组学和脂质组学分析显示，众多基因的表达以及若干脂质的峰强度发生了改变。这些基因和脂质与介导黏着斑、甘油磷脂代谢（GM）和PPAR信号通路的途径相一致。

此外，用姜黄素（一种被认为的lipin抑制剂）处理PC-3细胞后，lipin-1和lipin-3的表达降低，而对lipin-2的表达没有影响。对前列腺癌患者的生物信息学分析显示，LPIN3 mRNA表达与较高的Gleason评分（8-10）之间存在相关性。这些数据展示了新的发现，即lipin-1介导去势抵抗性前列腺癌细胞的脂质组，并鉴定了除GM和PPAR之外其调控的若干途径。此外，这些数据提示姜黄素可用于治疗过表达lipin-3的晚期前列腺癌。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。