工程化前列腺类器官移植小鼠肿瘤的单核RNA测序与10X空间转录组图谱 [visium]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE246762

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

小鼠类器官移植来源的前列腺肿瘤单核RNA测序。目的：鉴定小鼠前列腺肿瘤中细胞组成的差异，并生成小鼠前列腺肿瘤中所有主要细胞类型的参考数据集。结果：我们回收了4,872个细胞，每个细胞UMI中位数为7055.5。结论：snRNASeq揭示了神经内分泌前列腺癌区室内的异质性，以Ascl1+表达谱为主，并混合有管腔谱系标记基因。snRNASeq回收了前列腺肿瘤中所有主要的上皮、免疫和基质细胞类型。小鼠前列腺肿瘤的空间转录组分析。目的：对小鼠前列腺肿瘤中的主要细胞类型进行空间定位，并鉴定空间上不同的神经内分泌肿瘤区室。不同的肿瘤微环境也被用于鉴定分布于组织学亚型之间的细胞：细胞信号传导轴。结论：小鼠前列腺的空间转录组分析揭示了所有主要细胞类型，并允许在与我们匹配的snRNA-Seq数据整合后进行细胞：细胞信号传导分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。