联合CRISPR与蛋白质组学筛选揭示cohesin-CTCF结合等位基因促进RUVBL1表达与前列腺癌进展 [RNA]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE224646

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数据说明

引言 全基因组关联研究结合表达数量性状位点（eQTL）已在前列腺癌（PrCa）中鉴定出数百个单核苷酸多态性（SNPs）及其靶基因。尽管这些与PrCa的遗传关联已被广泛报道，但这些风险位点的功能特征描述仍具有挑战性。方法 为了筛选调控性SNPs，我们设计了一个包含9133个指导RNAs（gRNAs）的文库，靶向2,166个与PrCa相关的候选SNP位点。我们在dCas9-KRAB稳定前列腺细胞系中进行了负筛选，并应用RIGOR程序来识别对细胞增殖至关重要的SNPs。我们进一步使用荧光素酶报告基因检测、ChIP-qPCR和xCas9碱基编辑在前列腺细胞中表征了一个选定的单核苷酸多态性（SNP，rs60464856）的调控作用。最后，我们通过体外和体内实验中的基因敲低，研究了SNP调控基因RUVBL1对细胞增殖和肿瘤生长的生物学影响。

结果 通过CRISPR干扰筛选对2，166个候选SNP进行干扰，RIGOR程序识别出117个可能调控基因从而促进前列腺癌细胞系生长优势的SNP。与未选中的SNP相比，这117个候选SNP倾向于位于转录起始位点侧翼5 kb附近（p = 0.01）。为了表征这些SNP的调控作用，我们选择了一个SNP（rs60464856）进行详细分析。该SNP被多个在筛选中显著耗竭的gRNA覆盖（FDR<0.05）。在PRACTICAL队列中进行的汇总SNP关联分析显示，G等位基因与显著更高的PrCa风险相关（p值=1.2E-16）。eQTL分析表明，G等位基因在多个数据集中与RUVBL1表达增加相关。为了进一步验证CRISPR干扰效应，我们在dCas9稳定细胞系中转染了靶向rs60464856位点的gRNA，并观察到RUVBL1表达显著受到抑制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。