脂肪细胞驱动的未折叠蛋白反应是转移性前列腺癌细胞共有的转录组特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE180239

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：为了初步了解使肿瘤细胞能够在骨等困难微环境中存活和进展的分子过程，我们对两种不同的前列腺癌细胞系在无骨髓脂肪细胞或有骨髓脂肪细胞存在下的转录组进行了无偏检测。方法：采用3’ RNA-seq（QuantSeq 3′ mRNA）技术。收集单独培养或与脂肪细胞在Transwell中共培养的PC3和ARCaP(M)细胞四个生物学重复的RNA，并在Agilent TapeStation 2200（Agilent Technologies，Santa Clara，CA）上进行质量控制。使用Lexogen的QuantSeq 3’mRNA-seq Library Prep Kit（FWD for Illumina）构建RNAseq文库。将条形码文库以等摩尔浓度多重混合，并在Illumina HiSeq-2500快速模式下以50 bp单端读长进行测序。使用Illumina的CASAVA 1.8.2软件对数据进行去多重化，并将读段比对到人类基因组。采用差异基因表达分析检测脂肪细胞介导的转录组变化。使用TaqMan assays进行qRT–PCR验证。

结果：我们的RNAseq分析以及随后的定量PCR和基于蛋白质的检测表明，内质网（ER）应激和未折叠蛋白反应（UPR）基因的上调是两种不同来源的转移性前列腺癌细胞系之间的共同特征。通路分析和药理学检查突显了ER伴侣蛋白BIP作为该转录组特征的上游协调者。结论：我们的研究为进一步的机制研究铺平了道路，并为转移性疾病的有效治疗干预提供了新线索。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。