前列腺癌与良性前列腺增生组织表达差异自定义芯片数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE134051

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们通过定制表达微阵列（Agilent）评估了接受根治性前列腺切除术的前列腺癌（PCa）和良性前列腺增生（BPH）患者组织标本中的差异基因表达。为了检测具有诊断和预后价值的基因特征，我们通过全转录组测序和Agilent定制微阵列评估了PCa和BPH患者的新鲜冷冻根治性前列腺切除术（RP）样本。我们根据Gleason评分（GS）、区域淋巴结转移的存在（pN）和疾病死亡的发生（DoD），将PCa患者分为七个临床风险组：（i）极低风险（V组：GS<7，pN0），（ii）低风险（L组：GS=7，pN0），（iii）中等风险（M组：GS<=7，pN1），（iv）无淋巴结浸润的高风险存活者（H-s组：GS>7，pN0），（v）无淋巴结浸润的高风险非存活者（H-d组：GS>7，pN0，DoD），（vi）有淋巴结浸润的高风险存活者（H+s组：GS>7，pN1），（vii）有淋巴结浸润的高风险非存活者（H+d组：GS>7，pN1，DoD）。对于高风险组，获取了邻近的无肿瘤前列腺组织样本（H+sf组、H-sf组、H+df组、H+df组）。

对照组包含良性前列腺增生患者（C组）。疾病的病程、患者生存情况及死亡原因等信息取自全科医生或泌尿科主治医师，或来自地区肿瘤登记处的记录。临床病理参数通过手术标本的常规组织病理学检查获得。术前测定血清前列腺特异性抗原（PSA）水平（Abbott，威斯巴登，德国）。冷冻组织样本包埋于Tissue-Tek OCT包埋剂（Sakura Finetek GmbH，施陶芬，布赖斯高地区，德国）中，并通过冷冻固定于金属压头上。使用配备有冷却至-28 °C的C35切片刀的冷冻切片机（Leica Biosystems，努斯洛赫，德国）制备冷冻切片。每块组织制备三组连续冷冻切片

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。