前列腺癌细胞中AR调控的转录组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE114052

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

已经充分确立，转录因子雄激素受体（AR）对前列腺癌（PCa）的发生和发展是必需的，但AR在这些过程中的确切作用仍不清楚。为了剖析AR在塑造前列腺癌细胞转录组中的作用，我们从经不同方案处理以操控内源性AR信号的AR阳性LNCaP细胞中获取了RNA-seq数据。LNCaP细胞培养于含胎牛血清（FBS）的正常培养基中，以代表雄激素依赖性（AD）生长状态。为模拟临床雄激素剥夺治疗（ADT）的设置，细胞在雄激素耗竭（即含活性炭-葡聚糖剥离胎牛血清（CDSS）的培养基）或存在AR拮抗剂恩杂鲁胺（MDV3100，10 μM）的条件下生长4天，以代表雄激素非依赖性（AI）生长状态。除药物调控外，我们还利用siRNA敲低AR。为检测AR信号对基因转录和剪接的直接影响，细胞先用CDSS预处理3天，随后用10nM二氢睾酮（DHT）处理8-9小时。

对上述LNCaP培养物进行了rRNA去除的总RNA深度测序，设生物学重复。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。