GSE111804：microRNA介导大豆饮食干预小鼠肝脏转录组变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111804

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

基于大豆的饮食因其对乳腺癌、前列腺癌、糖尿病和动脉粥样硬化等多种病理状况的有益作用而引起了研究界的兴趣。然而，这些作用背后的分子细节远未被完全理解，近期已有若干尝试旨在阐明不同动物模型中大豆诱导的肝脏转录组变化。本研究采用下一代测序技术，鉴定了一组在年轻雄性小鼠中受短期富含大豆饮食特异性调控的两个微小RNA，并通过微阵列评估了它们对肝脏转录组的影响。对STRING生成的转录组数据相互作用进行聚类与拓扑社区检测（CTCD）网络分析，识别出五个拓扑基因社区，这些基因在 soy 饮食干预下特征性改变，并被认为是微小RNA的潜在靶标。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。