基因贫乏8q24癌症相关位点的功能性增强子

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-19561

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

近期研究表明，8q24上的多个离散区域含有易感多种癌症（包括前列腺癌、乳腺癌和结肠癌）的等位基因。这些区域远离任何已注释的基因，其生物学活性此前未知。本研究对一个涵盖所有风险区域的5兆碱基染色质片段进行了RNA表达、组蛋白修饰以及RNA聚合酶II和雄激素受体（AR）占据位点的分析。由此鉴定出数个转录增强子，并通过报告基因试验进行了验证。其中一个风险区域内的两个增强子被AR占据并对雄激素处理产生响应；其中一个增强子包含位于FoxA1结合位点内的单核苷酸多态性（rs11986220），前列腺癌风险等位基因促进了更强的FoxA1结合和更强的雄激素反应性。本研究展示了一种可应用于全基因组关联研究所揭示的非蛋白质编码区任何风险相关等位基因的方法，以更好地理解复杂疾病的遗传易感性。

20份正常前列腺cDNA样本（无重复），4份细胞系cDNA样本（每种细胞系设双重复），4份细胞系乙酰化H3 ChIP样本（每种细胞系设双重复），2份细胞系多种组蛋白修饰及蛋白ChIP样本（LNCaP细胞系6种抗体，PC3细胞系5种抗体，每种均设双重复）。所有样本均与匹配的基因组DNA参考样本进行杂交。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。