局限性与晚期前列腺癌的表观基因组改变

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-41701

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们在此使用Illumina NGS对七例人良性前列腺组织、七例人原发性前列腺癌和六例人去势抵抗性前列腺癌患者样本的DNA甲基化组进行高通量分析。这些数据用于在单碱基分辨率下分析每个样本中的CpG胞嘧啶甲基化模式，并确定样本间差异甲基化胞嘧啶和区域。对20例人前列腺组织（良性前列腺组织、局限性和转移性前列腺癌）进行增强简化代表性亚硫酸氢盐测序（ERRBS，MspI，150–400 bp大小片段）

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。