基本信息

模态

医学影像

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-10

资源简介

ena-DATASET-MUG-19-03-2013-14:14:47:994-92 - samples 数据集

该数据集聚焦于转移性前列腺癌的无创肿瘤基因组分析，通过采集患者血浆DNA来扫描肿瘤基因组。研究共富集了7份血浆DNA样本，涵盖4例去势抵抗性前列腺癌（CRPC）病例（CRPC1-3和CRPC5）以及3例去势敏感性前列腺癌（CSPC）病例（CSPC1-2和CSPC4）。富集区域包括55个癌症基因的外显子序列以及18个基因的38个内含子，这些内含子区域曾报道过融合断点，富集过程使用Sure Select Custom DNA Kit完成。数据集主题标签为Genomics，属于肿瘤/前列腺癌分类，来源于omicsdi.org。该数据可用于前列腺癌基因组变异、融合断点及无创检测相关研究。

【数据集背景】

该数据集来源于omicsdi.org，属于肿瘤领域中的前列腺癌分类。研究背景聚焦于转移性前列腺癌患者，旨在通过非侵入性的方式，即利用血浆DNA来扫描肿瘤基因组。这一方法避免了传统组织活检的侵入性，为转移性前列腺癌的基因组分析提供了新的途径。数据集主题标签为Genomics，表明其核心内容围绕基因组学展开。

【数据内容】

数据集包含7份血浆DNA样本的富集数据，具体分为两组：4例去势抵抗性前列腺癌（CRPC）病例，编号为CRPC1、CRPC2、CRPC3和CRPC5；3例去势敏感性前列腺癌（CSPC）病例，编号为CSPC1、CSPC2和CSPC4。富集区域总长度为1.3 Mbp，涵盖55个癌症基因的外显子序列以及18个基因的38个内含子。这些内含子区域选择依据是已有融合断点的报道。富集过程使用了Sure Select Custom DNA Kit。数据集名称中包含“samples”字样，表明其以样本为单位组织数据。

【采集与来源】

样本来源于转移性前列腺癌患者的血浆DNA，采集方式为非侵入性。研究涉及的患者包括CRPC和CSPC两类。数据来源站为omicsdi.org。源站描述中未提供具体的采集时间、地点、患者人口学信息或伦理审批细节。

【适用场景】

该数据集适用于前列腺癌基因组变异研究，特别是与转移性前列腺癌相关的基因变异分析。由于富集区域包含55个癌症基因的外显子以及18个基因的融合断点相关内含子，数据可用于融合断点的检测与验证。此外，基于血浆DNA的无创检测特性，该数据也可用于无创检测方法的相关研究，例如液体活检技术的开发或验证。主题标签Genomics进一步表明其适用于基因组学层面的分析。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明。用户需根据数据集名称及来源站自行获取数据。通常，此类数据可用于二次分析，如变异 calling、融合基因检测或比较CRPC与CSPC病例的基因组差异。但具体分析流程、软件工具或参数设置未在源站描述中提及。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、覆盖度、测序深度、重复性或其他质量指标的信息。限制方面，样本量较小（共7例），且仅涵盖特定基因区域（55个癌症基因外显子及18个基因内含子），并非全基因组或全外显子组。此外，源站描述未提及数据是否经过验证或存在批次效应。因此，使用时应谨慎对待结论的普适性。

【引用与许可】

源站未提供引用格式或许可信息。用户需参考omicsdi.org上的原始条目以获取引用要求和许可条款。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001000365

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001000365

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在本研究中，我们分析了转移性前列腺癌患者，通过血浆DNA非侵入性地扫描其肿瘤基因组。我们利用SureSelect定制DNA试剂盒，对7份血浆DNA样本（4例去势抵抗性前列腺癌CRPC病例：CRPC1-3和CRPC5；3例去势敏感性前列腺癌CSPC病例：CSPC1-2和CSPC4）中的1.3 Mbp区域进行了富集，这些区域包括55个癌症基因的外显子序列以及18个基因的38个内含子，其中融合断点已有描述。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别