DNA甲基化分析揭示前列腺癌新型生物标志物及DNA甲基转移酶的重要作用

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-26126

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

正常前列腺和肿瘤前列腺样本，以及过表达DNA甲基转移酶（DNMTs）和EZH2的培养原代前列腺细胞的全基因组DNA甲基化谱分析。基于候选基因的研究已在前列腺癌中识别出少数异常的CpG DNA甲基化事件。然而，尚未在前列腺肿瘤与正常前列腺之间大规模比较DNA甲基化谱，且这些变化背后的机制尚不清楚。在本研究中，我们利用Illumina HumanMethylation27平台，对95例原发性前列腺肿瘤和86例健康前列腺组织样本在代表14,104个基因启动子的26,333个CpG位点上的DNA甲基化水平进行了定量分析。对该数据集进行的两类显著性分析揭示了肿瘤中5,912个CpG位点DNA甲基化增加和2,151个CpG位点DNA甲基化减少（FDR < 0.8%）。对该数据集的预测分析识别出87个CpG，它们是最具预测性的前列腺癌诊断甲基化生物标志物。通过整合可用的临床随访数据，我们还识别出69个与肿瘤生化复发相关的预后性DNA甲基化改变。

为明确导致这些全基因组DNA甲基化改变的机制，我们通过TaqMan qPCR检测了多种DNA甲基转移酶（DNMTs）及其相互作用蛋白的基因表达水平，并观察到肿瘤中DNMT3A2、DNMT3B和EZH2的表达增加。随后，在培养的原代前列腺细胞中进行瞬时转染实验，结果显示DNMT3B1和DNMT3B2的过表达导致相当一部分CpG位点的甲基化增加，这些位点同时也显示出肿瘤特异性的甲基化增加。将来自193个样本的亚硫酸氢盐转化DNA与Illumina Infinium 27k Human Methylation Beadchip v1.2芯片杂交。组织样本（前181个）和培养细胞样本（后12个）分别独立进行归一化处理。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。