前列腺癌DNA甲基化图谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001006670

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

由于治疗手段的改进使预期寿命延长，原发性前列腺癌向脑等罕见部位的转移正变得越来越常见。表观遗传失调是原发性前列腺癌的一个特征，且不同的DNA甲基化谱与互斥的SPOP突变或TMPRSS2-ERG融合遗传背景相关。我们利用一个包含42例前列腺癌脑转移（PCBM）患者的队列（其中17例有匹配的原发样本），使用Illumina EPIC芯片进行了DNA甲基化分析。我们考察了原发性前列腺癌与PCBM之间的表观遗传差异、表观遗传改变与突变背景之间的关联，以及可能特别与PCBM相关的特定表观遗传改变。对PCBM的多区域采样揭示了转移灶中的表观遗传异质性。我们发现PCBM中的异常甲基化与突变背景、PRC2复合物活性及EZH2上调相关，这一效应在SPOP突变型PCBM中尤为显著。

虽然我们在PCBM中检测到了高甲基化表型，但也观察到参与神经活性配体-受体相互作用或钙信号通路的基因启动子区域发生低甲基化，例如GABRB3和GRM5，这一变化在非脑部前列腺癌转移中并未观察到。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。