介导前列腺癌进展的间充质细胞状态数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.7452769

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 2.11 GB。

数据说明

这些是用于生成论文《不同的间充质细胞状态介导前列腺癌进展》中结果和 figures 的计数矩阵（.h5ad 格式）。adata_mouse.h5ad：来自所有小鼠模型的间充质前列腺数据的归一化计数矩阵和细胞注释。adata_mouse_myo.h5ad：肌成纤维细胞和周细胞（两者均为 c0）的归一化计数矩阵。scenic_mesenchyme_auc.csv：小鼠间充质数据中不同细胞和簇中调控子活性的 auc 矩阵。scenic_mesenchyme_binary.csv：小鼠间充质数据中调控子活性的二值矩阵。adata_human.h5ad：人间充质原发性前列腺癌数据的归一化计数矩阵和细胞注释。adata_human_boneMet_stroma.h5ad：源自 Kfoury 等人的骨转移数据的归一化计数矩阵和细胞注释。visium_PRN.h5ad：PRN 小鼠模型 Visium 空间转录组学数据的归一化计数矩阵和细胞注释。visium_WT.h5ad：WT（PRN-WT）小鼠模型 Visium 空间转录组学数据的归一化计数矩阵和细胞注释。

natHistory_expression：自然史队列的标准化表达矩阵。natHistory_label：自然史队列的转移指标。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。