前列腺癌进展中不同间充质细胞状态的数据
该数据集来自 zenodo.org，包含用于研究前列腺癌进展中不同间充质细胞状态的计数矩阵与注释文件，格式以 .h5ad 为主
基本信息
资源简介
前列腺癌进展中不同间充质细胞状态的数据
distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression
该数据集来自 zenodo.org，包含用于研究前列腺癌进展中不同间充质细胞状态的计数矩阵与注释文件，格式以 .h5ad 为主。数据覆盖小鼠模型间充质前列腺数据、肌成纤维细胞与周细胞、人类原发性前列腺癌间充质数据以及骨转移基质数据，并提供 SCENIC 调控子活性 AUC 与二值矩阵。可用于单细胞转录组分析、细胞状态分类及肿瘤微环境相关研究（来源 Zenodo，cc-by-4.0 许可）。
【数据集背景】
源站首次发布：2023-11-03。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：这些是用于生成题为“distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression”的论文结果和图表所用的计数矩阵（.h5ad 格式）。adata_mouse.h5ad：来自所有小鼠模型的间充质前列腺数据的归一化计数矩阵和细胞注释。adata_mouse_myo.h5ad：肌成纤维细胞和周细胞（两者均为 c0）的归一化计数矩阵。scenic_mesenchyme_auc.csv：小鼠间充质数据中不同细胞和簇的调控子活性 AUC 矩阵。scenic_mesenchyme_binary.csv：小鼠间充质数据中调控子活性的二值矩阵。adata_human.h5ad：人类原发性前列腺癌间充质数据的归一化计数矩阵和细胞注释。adata_human_boneMet_stroma.h5ad：源自 Kfoury 等人的骨转移数据的归一化计数矩阵和细胞注释。
【数据结构与技术规格】
文件数 12 个，合计 2.11 GB。数据集 DOI：10.5281/zenodo.10069816。
【主题与分类】
主题标签：prostate cancer、tumor microenvironment、cancer-associated fibroblasts、genetically-engineered mouse models、single-cell RNA sequencing、complement protein、innate and adaptive immunity、WNT signaling、neuroendocrine tumor stroma、bone metastasis。本站分类：肿瘤/前列腺癌。
【获取与许可】
源站页面：https://zenodo.org/records/10069816
使用许可：cc-by-4.0。
下载信息
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使用方式
数据集获取（Zenodo 公开直链）
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curl -L -o "adata_mouse_myo.h5ad" "https://zenodo.org/api/records/10069816/files/adata_mouse_myo.h5ad/content"
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curl -L -o "scenic_mesenchyme_binary.csv" "https://zenodo.org/api/records/10069816/files/scenic_mesenchyme_binary.csv/content"
curl -L -o "scenic_mesenchyme_auc.csv" "https://zenodo.org/api/records/10069816/files/scenic_mesenchyme_auc.csv/content"
curl -L -o "adata_human.h5ad" "https://zenodo.org/api/records/10069816/files/adata_human.h5ad/content"
curl -L -o "adata_mouse.h5ad" "https://zenodo.org/api/records/10069816/files/adata_mouse.h5ad/content"
文件清单
scenic_mesenchyme_thresholds.csv（0.0 MB）adata_mouse_myo.h5ad（77.1 MB）adata_human_BoneMet_stroma.h5ad（253.6 MB）metadata_mouse.csv（17.0 MB）scenic_mesenchyme_binary.csv（2.0 MB）scenic_mesenchyme_auc.csv（16.3 MB）adata_human.h5ad（293.3 MB）adata_mouse.h5ad（399.4 MB）visium_PRN.h5ad（659.5 MB）visium_WT.h5ad（255.4 MB）natHistory_expression.csv（34.8 MB）natHistory_label.csv（0.0 MB）
数据集大小约 2.11 GB。
数据说明
这些是用于生成论文《不同的间充质细胞状态介导前列腺癌进展》中结果和 figures 的计数矩阵（.h5ad 格式）。adata_mouse.h5ad：来自所有小鼠模型的间充质前列腺数据的归一化计数矩阵和细胞注释。adata_mouse_myo.h5ad：肌成纤维细胞和周细胞（两者均为 c0）的归一化计数矩阵。scenic_mesenchyme_auc.csv：小鼠间充质数据中不同细胞和簇中调控子活性的 auc 矩阵。scenic_mesenchyme_binary.csv：小鼠间充质数据中调控子活性的二值矩阵。adata_human.h5ad：人间充质原发性前列腺癌数据的归一化计数矩阵和细胞注释。adata_human_boneMet_stroma.h5ad：源自 Kfoury 等人的骨转移数据的归一化计数矩阵和细胞注释。visium_PRN.h5ad：PRN 小鼠模型 Visium 空间转录组学数据的归一化计数矩阵和细胞注释。visium_WT.h5ad：WT（PRN-WT）小鼠模型 Visium 空间转录组学数据的归一化计数矩阵和细胞注释。
natHistory_expression：自然史队列的标准化表达矩阵。natHistory_label：自然史队列的转移指标。
许可
cc-by-4.0
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