4f-SAMMY-seq与总RNA-seq：25例化疗初治患者前列腺活检数据（7例健康活检与18例肿瘤活检）
该数据集来自omicsdi.org，包含25例化疗初治患者前列腺活检的4f-SAMMY-seq和总RNA-seq数据，其中7例为健康活检、18例为肿瘤活检
基本信息
资源简介
4f-SAMMY-seq与总RNA-seq：25例化疗初治患者前列腺活检数据（7例健康活检与18例肿瘤活检）
4f-SAMMY-seq（Sequential Analysis of MacroMolecules Accessibility）与总RNA-seq数据集来源于omicsdi.org，收录了25例化疗初治患者的前列腺活检样本，其中7例为健康活检、18例为肿瘤活检。该数据集同时提供了基于4f-SAMMY-seq技术的表观基因组图谱和总RNA-seq转录组数据，属于肿瘤/前列腺癌分类下的转录组学主题资源。据源站描述，该研究是首次对患者来源的前列腺活检组织进行染色质组织结构的直接检测，研究者利用染色质架构差异识别出一个与良好预后相关的新型前列腺癌转录特征。这一资源为在前列腺癌临床样本层面联合考察染色质构象与基因表达提供了数据基础。
【数据集背景】
前列腺癌是男性常见的恶性肿瘤之一，其发生发展不仅涉及基因序列变异，也与染色质高级结构的改变密切相关。然而，受限于临床活检样本量小、材料有限等因素，直接在患者来源的前列腺活检组织中研究染色质组织架构的工作长期较为缺乏。该数据集所依托的研究采用其实验室开发的一种表观基因组 profiling 技术——4f-SAMMY-seq（Sequential Analysis of MacroMolecules Accessibility），并结合RNA-seq，对临床前列腺活检样本进行检测。源站描述指出，该研究是首次对患者来源的前列腺活检组织中的染色质组织进行直接检查，并借助染色质架构上的差异，识别出一个与良好预后相关的新型前列腺癌转录特征。因此，该数据集在方法学与生物学发现两个层面均具有背景价值。
【数据内容】
该数据集包含两类数据：一是4f-SAMMY-seq数据，用于刻画样本的染色质组织结构与可及性特征；二是总RNA-seq数据，用于反映样本的转录组表达信息。样本总数为25例，全部来自化疗初治患者的前列腺活检，其中健康活检7例、前列腺肿瘤活检18例。数据集的主题标签为Transcriptomics，本站分类归入肿瘤/前列腺癌。除上述样本构成与数据类型外，源站未提供关于文件格式、数据规模、测序深度、基因组版本等更细化的内容。
【采集与来源】
数据来源于omicsdi.org。样本采集对象为25例化疗初治患者的前列腺活检组织，包括7例健康活检与18例肿瘤活检。源站描述说明，研究使用4f-SAMMY-seq技术与RNA-seq对上述活检样本进行检测，研究材料为患者来源的临床活检组织。关于具体的采样时间、采样机构、伦理审批信息及样本处理流程，源站未提供。
【适用场景】
基于其数据类型与样本构成，该数据集适用于在前列腺癌临床活检样本中考察染色质组织架构与转录组表达之间的关系，也适用于围绕健康活检与肿瘤活检之间的染色质架构差异开展比较分析。源站描述提到，研究利用染色质架构差异识别出与良好预后相关的新型前列腺癌转录特征，因此该数据亦可作为探索前列腺癌预后相关转录特征的数据资源。此外，该数据集所采用的4f-SAMMY-seq方法本身面向微量或有限材料样本的表观基因组分析，对方法学参考亦具有潜在价值。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、预处理流程、分析工具与参数设置等均未说明。
【质量与限制】
该数据集的样本量为25例活检，其中健康活检7例、肿瘤活检18例，样本规模相对有限。数据来自化疗初治患者的前列腺活检，样本类型与治疗背景具有特定性。关于数据质量评估指标、批次效应、数据完整性及已知技术限制等信息，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-14226
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们采用了本实验室开发的一项突破性表观基因组 profiling 技术——4f-SAMMY-seq，并结合 RNA-seq，对7份健康活检样本和18份前列腺肿瘤活检样本进行了分析。我们的研究首次直接检测了患者来源的前列腺活检组织中的染色质组织。利用染色质架构的差异，我们鉴定出一种与良好预后相关的新型前列腺癌转录特征。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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