突变ASXL1通过增强独特巨核细胞分化程序加重CALR突变MPN [患者scRNA-seq]
该数据集来自NCBI GEO，标题为突变ASXL1通过增强独特巨核细胞分化程序加重CALR突变MPN的患者scRNA-seq
![GSE299819: Mutant ASXL1 exacerbates CALR-mutant MPN by enhancing a distinct megakaryocyte differentiation program [Patient scRNA-seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/69212.jpg)
基本信息
资源简介
突变ASXL1通过增强独特巨核细胞分化程序加重CALR突变MPN [患者scRNA-seq]
该数据集为来自 NCBI GEO 的单细胞 RNA 测序表达谱数据，英文标题为 GSE299819: Mutant ASXL1 exacerbates CALR-mutant MPN by enhancing a distinct megakaryocyte differentiation program [Patient scRNA-seq]，中文含义为突变 ASXL1 通过增强一种独特的巨核细胞分化程序，加重 CALR 突变型骨髓增殖性肿瘤（MPN）的患者单细胞转录组研究。数据集归属于肿瘤领域中的原发性骨髓纤维化方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，作者为 Frederike、Kramer，发布时间为 Jun 13 202。数据集包含 1 个文件，样例文件名为 GSE299819_series_matrix.txt.gz，主题标签涉及高通量测序表达谱分析、平台 GPL24676 以及物种编号 9606。整体而言，该数据集围绕患者来源的单细胞转录组，用于观察突变 ASXL1 与 CALR 突变共存时对巨核细胞分化程序的影响。
【数据集背景】
该数据集的研究背景聚焦于骨髓增殖性肿瘤，尤其是 CALR 突变型 MPN。标题明确指出，突变 ASXL1 会通过增强一种独特的巨核细胞分化程序，加重 CALR 突变型 MPN。数据集被归类于肿瘤 / 原发性骨髓纤维化，说明其研究场景与骨髓纤维化等 MPN 相关疾病密切相关。该数据属于患者 scRNA-seq，即患者样本的单细胞 RNA 测序，用于在单细胞分辨率下考察基因表达特征。源站描述与标题一致，未提供更多关于实验设计、样本分组或疾病模型的细节。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件，样例文件为 GSE299819_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包格式，属于表达谱数据文件。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL24676 和 9606，分别指向高通量测序表达谱、特定测序平台以及人类物种。由于文件数量为 1，数据内容以该系列矩阵文件为核心，可能包含样本层面的表达信息。除文件名称、格式和主题标签外，源站未提供更详细的字段结构、基因数量、细胞数量或样本数量信息。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI GEO，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。作者为 Frederike、Kramer，发布时间为 Jun 13 202。数据集标题和源站描述均指向患者 scRNA-seq 研究，说明样本来自患者。物种编号 9606 对应人类。平台信息以 GPL24676 表示。除上述信息外，源站未提供具体的样本采集地点、伦理审批信息、患者数量、临床特征或测序细节。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤、原发性骨髓纤维化以及 MPN 相关研究，尤其是关注 CALR 突变与 ASXL1 突变相互作用、巨核细胞分化程序以及单细胞转录组表达谱的分析场景。研究人员可将其用于探索患者样本中不同细胞群体的表达特征，或作为高通量测序表达谱数据的参考。由于主题标签包含 Expression profiling by high throughput sequencing，该数据也适合用于转录组层面的表达分析。源站未提供更具体的适用分析类型或研究问题。
【使用方法】
使用该数据集时，可下载数据文件 GSE299819_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包，读取时应按文件格式进行解压和处理。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以避免因格式或编码问题导致分析错误。源站未提供具体的软件工具、分析流程或代码示例。
【质量与限制】
该数据集的文件数量为 1，样例文件为 GSE299819_series_matrix.txt.gz，格式为 GZIP 压缩包。由于源站未提供详细的样本数量、细胞数量、测序深度、质控指标或批次信息，无法对数据质量进行进一步评估。该数据属于患者 scRNA-seq，可能涉及患者来源样本的异质性，但源站未提供相关说明。使用时应关注单细胞数据常见的稀疏性、批次效应和样本代表性等问题，但源站未提供具体限制说明。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Frederike、Kramer，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，发布时间为 Jun 13 202。源站未提供具体的引用格式、许可协议或使用条款。使用该数据集时，应遵循 NCBI GEO 的相关政策以及源站提供的引用要求。源站未提供更多关于许可和引用的信息。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE299819
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据说明
Mutant ASXL1 exacerbates CALR-mutant MPN by enhancing a distinct megakaryocyte differentiation program
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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