人毛细胞型星形细胞瘤单细胞RNA测序数据集
该dbGaP数据集包含6例人毛细胞型星形细胞瘤单细胞RNA测序数据，用于研究PA细胞异质性和BRAF重排相关特征。由National Cancer Institute提供，数据格式为表格，适用于分类任务。
基本信息
资源简介
人毛细胞型星形细胞瘤单细胞RNA测序数据集
【一句话概览】
对6例毛细胞型星形细胞瘤（PA）进行单细胞RNA测序，所用方法可检测BRAF重排。与高级别胶质瘤相比，PA癌细胞中呈分化星形细胞样表型的比例显著更高，较小比例细胞呈祖细胞样表型并具增殖证据，表达高级别胶质瘤中缺失的MAPK程序。免疫细胞尤其小胶质细胞占全部细胞的40%，并解释肿瘤部位与亚型间批量表达谱差异。数据提示MAPK信号仅限于PA中相对未分化的癌细胞，对该通路的研究性治疗具有意义（来源 NCBI）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Human Pilocytic Astrocytoma Single Cell RNA Sequencing》。
【数据内容】
源站原始描述：Pilocytic astrocytoma (PA), the most common childhood brain tumor, is a low-grade glioma with a single driver BRAF rearrangement. Here, we perform scRNAseq in six PAs using methods that enabled detection of the rearrangement. When compared to higher-grade gliomas, a strikingly higher proportion of the PA cancer cells exhibit a differentiated, astrocyte-like phenotype. A smaller proportion of cells exhibit a progenitor-like phenotype with evidence of proliferation. These express a mitogen-activat…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：毛细胞型星形细胞瘤（PA）是儿童最常见的脑肿瘤，是一种低级别胶质瘤，由单一的驱动性BRAF重排引起。在此，我们使用能够检测该重排的方法对六个PA样本进行了单细胞RNA测序（scRNAseq）。与高级别胶质瘤相比，PA癌细胞中表现出分化星形细胞样表型的比例显著更高。较小比例的细胞表现出祖细胞样表型，并具有增殖的证据。这些细胞表达一种丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）程序，而该程序在高级别胶质瘤中不存在。免疫细胞，尤其是小胶质细胞，占PA中所有细胞的40%，并解释了肿瘤位置和亚型之间批量表达谱的差异。这些数据表明，在PA中MAPK信号传导仅限于相对未分化的癌细胞，这对针对该通路的试验性治疗具有意义。请注意，序列读取存档（SRA）中1234个样本中有931个通过了质控，并且可从Broad Institute单细胞门户获取转录本计数数据。转录本计数数据可在https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell/study/SCP271/pilocytic-astrocytoma-single-cell-rna-seq#study-download找到。
【主题与分类】
主题标签：Pilocytic astrocytoma、low-grade glioma、brain tumor、single cell RNA sequencing、scRNAseq、BRAF、MAPK、Astrocytoma。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs001854.v1.p1
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
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使用方式
数据集获取
源站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs001854.v1.p1
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该dbGaP数据集包含6例人毛细胞型星形细胞瘤单细胞RNA测序数据，用于研究PA细胞异质性和BRAF重排相关特征。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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